黃芩在苗期的管理也是很重要的，但是苗期也是分為兩種情況的，前一種情況就是在使用育苗繁殖的時候就要開始對小苗進行管理，還有就是在移栽后對其進行管理。
黃芩苗期如何管理？
一。幼苗期管理。播種后，保持地面濕潤，利于幼苗出土。幼苗出土后，去掉覆蓋的雜草，并輕輕地動表土，保持地面疏松，下面濕潤，利于根向下伸長，幼苗長到4cm高時淺鋤一次，并間去過密的弱苗。育苗田按朱距6cm留苗，只播的按株距12cm定苗。定苗后有草就鋤，旱時澆水，雨季注意防澇，地內不可積水。
二。移栽后的管理。成活后，注意鋤地松土，保持地內清潔。黃芩抗旱力較強。遇嚴重干旱或追肥后可適當澆水，一般不用常澆水。“立夏”以后，每畝施土雜1000kg加草木灰150kg，混勻后，在行間開淺溝施入，覆土蓋平以后經常除草，保持地內無雜草。一般于己于6~9月，種子成熟期不一致，且隨成熟隨掉落，如收種子應及時采收，儲存備用。如不需收種子，可去掉花蕾，以利根部生長。
這兩個時期的管理工作是不可忽略的，具體要操作的內容如上所述。