稻套麥通常有在小麥收獲前20天左右套播和收麥前1～2天套播兩種方式。收麥后麥秸草全量還田時，有的均勻覆蓋于畦面，有的將秸草鋪到墑溝里，那么此時選擇除草劑要十分慎重。
麥收前20天左右套播的，收麥后田間水稻一般已達2葉期以上（通常將麥秸草鋪到墑溝中還田）。可以在收麥后立即灌水，過1～2天水退下后根據田間草相選用莖葉處理劑防除田間雜草，藥劑可以選用二氯喹啉酸及其與芐嘧磺隆或吡嘧磺隆的混配劑，或者五氟磺草胺及其與氰氟草酯的混配劑等。田間無水層時噴藥，施藥后第二天復水，保水1周左右。使用五氟磺草胺及其與氰氟草酯混配劑的田塊，宜在用藥后5～7天，再次用丁草胺或二氯喹啉酸與芐嘧磺隆或吡嘧磺隆的混配劑進行土壤封閉處理。
麥收前1～2天套播的，在麥收后將秸草鋪到墑溝中（如果田間已有雜草發生，可以用草甘膦、百草枯噴霧滅除），灌水并保持“瓜皮水”，等稻種萌發，根系下扎后，排盡田水，噴施適合在直播稻田播后苗前使用的丙草胺及其與芐嘧磺隆或吡嘧磺隆的混配劑（田間有處于立針期的禾本科雜草時，可以適當加量使用丙草胺，能將幼草滅除）。以后到水稻2～3葉期根據田間草相用藥進行莖葉處理。
麥收后秸稈均勻鋪在畦面的，前期進行土壤封閉處理比較困難，可以考慮在田間禾本科雜草基本出齊，處于5葉期之前時，根據草相選用莖葉處理劑防除田間雜草，藥劑同樣可以選用二氯喹啉酸及其與芐嘧磺隆或吡嘧磺隆的混配劑，或者五氟磺草胺及其與氰氟草酯的混配劑等。