核病防治應以預防為主，其主要防治技術措施如下。
1.防止種子帶菌通過篩選、風選、藥劑拌種等方法消核和殺滅種子表皮病菌，播種無病種子。在播種前可用0.5～0.75克食鹽或0.5～1千克硫酸銨，兌水5千克選種，除去上浮的秕粒和菌核，用清水洗干凈后再播種。
2.水旱輪作，避免連作苗床、大田不重茬。油菜地盡可能避免連作，實行水旱輪作，以減少田間菌核量。油菜收獲后，將在田間、路旁和脫粒場等處的病殘體，集中燒毀。
3.加強田間管理，改善群體結構，注意開溝排漬，做到雨住田干。秋季深耕，春季中耕培土1～2次，可以破除、淹埋子囊盤。及時除草，減少田間蔭蔽。重施基肥，增施有機肥、磷鉀和硼肥，適當施用氮素化肥。早施薹肥，避免薹花期過量施用氮肥。做好中耕培土，及時摘除病、黃、老葉，隨即帶出田外，減輕病菌蔓延危害。在土壤肥力較高的地區，適當降低油菜的種植密度，以改善通風透光條件。
4.適時藥劑防治油菜花期是易感病期，也是防治油菜菌核病的關鍵時期。一般噴藥2次，掌握在初花期用好第1次藥非常重要，7～10天后用好第2次藥，2次藥后若遇連續陰雨天，還應設法用好第3次藥。為防病效果，用藥時一要堅持對足水量50～60千克；二要堅持噴粗霧，從花到基部莖稈都要處處噴到，使植株外表形成藥劑保護層。噴藥時在藥液噴灑植株各部位的前提下，重點噴灑植株中下部莖葉。常用藥劑：40%五氯硝基苯可濕性粉劑有效成分2625克/公頃，兌水150～300千克，于發病初期拌土撒施根部附近；70%甲基硫菌靈可濕性粉劑有效成分750～937.5克/公頃，兌水600～750千克，每7～10天噴霧1次，共噴兩次；50%乙烯利菌核可濕性粉劑有效成分562.5～750克/公頃，兌水750～1125千克，于發病初期，每7～10天噴霧1次，共3～4次；40%多菌靈懸浮劑或25～50%可濕性粉劑有效成分562.5～937.5克/公頃，兌水750～1125千克，于盛花期和終花期各噴1次；50%撲海因可濕性粉劑有效成分500～750克/公頃，兌水750～1125千克，于盛花期和終花期各噴1次；50%速克靈可濕性粉劑，有效成分225～450克/公頃，兌水750～1125千克，于盛花期和終花期各噴1次；或50%咪鮮胺錳鹽，40克兌水20千克噴霧。在油菜盛花期，摘除植株中下部的黃葉、老葉和全株的病葉，并將摘下的葉片帶到田外處理。
需要注意的是，油菜菌核病病菌已普遍對多菌靈類藥劑產生了抗性，使用菌核凈、腐霉利、使百克、萬霉靈（乙霉威）、敵力脫（丙環唑）單劑及其復配劑等效果較好，同時也應選用早熟、抗病、優質高產的油菜品種。