對苗木苗圃施用肥料重要的關鍵點就是“因土施肥”，即根據土壤的性質，采用不同的施肥方法，施用不同的肥料。具體說來就是注意以下三點：
一要根據土壤的保肥能力和供肥特點施肥肥料。一般來說，凡是土壤比較粘重，有機質含量就比較高，保肥力也比較強，即使一次施肥較多，養分也不至于流失；反之，土壤屬砂性，有機質含量較少，保肥能力相應較弱，在這種土壤上施肥，每次用量不宜過多，應注意“少吃多餐”，分次施用。但土壤的供肥特點也各有不同，如肥壤土保肥能力強，肥勁長而穩，這種土壤一次施肥可多些，次數可少些；而砂性土壤保肥能力較差，前期供肥充足而后勁不足，對此應注重后期供肥。
二要根據土壤中各種養分的多少選擇肥料和決定施用量。土壤中的養分狀況，不僅與土壤成母質有關，還與土壤耕作制度有著直接或間接的關系，一般來說，如前茬是一年生苗木一般土壤中的氮素比較多，但應注意增施磷、鉀肥。而前作是多年生苗木則土壤中養分消耗量大，應注意增施養分充足的有機肥料，并氮、磷、鉀肥，尤其是氮肥供給。
三要根據土壤的酸堿性選擇施用化學肥料。酸性土壤應選擇堿性肥料，如氨水、碳銨、鈣鎂磷肥等，堿性土壤應選擇酸性肥料，如過磷酸鈣、硫酸銨等，以避免土壤變得過酸或過堿，確保苗木對養分的有效吸收和利用。