枯萎病是為害秋植冬瓜嚴重的病害，在開始開花結瓜時發病，使植株瓜蔓枯萎死亡，此病屬性病害，發生嚴重，為害猖獗，蔓延迅速，成片發生，整株枯死，損失慘重，必須注意防治，以保護莖蔓，促進開花結瓜。現將其具體防治措施介紹如下：
①合理輪作。與非瓜類作物輪作，是防治枯萎病的重要措施之一，輪作年限在3年以上，是水旱輪作，苗床地2-3年輪換1次。
②選用抗（耐）病品種，培育無病壯苗。播種前種子用52-55oC溫水浸種15分鐘，或50%劑多菌靈可濕性粉劑500倍液或70%甲基硫菌靈可濕性粉劑1000倍液浸種1小時，洗凈后催芽播種，或用種子重量0.3%的50%福美雙可濕性粉劑拌種后直接播種。
③嫁接防治。可用抗性強的黑籽南瓜作砧木進行嫁接，增強植株的抗病能力。
④無病土營養杯育苗，高畦栽培，定植時盡量減少傷根。
⑤加強栽培管理，搞好田間衛生，抓好肥水管理。施足基肥，增施磷鉀肥，腐熟有機肥，促進根系發育，提高抗病力，采取小水勤灌（淋），切忌大水漫灌，地溫較低時減少淋水。發現病株，及時拔除，集中銷毀，根周圍的土壤用石灰。