在棉花的各個時期，雜草也不盡相同，因此使用的除草劑也有所差別。
在棉花苗床，主要雜草為馬唐、狗尾草、牛筋草、藜、反枝莧，雜草比較好治，生產中可以用酰胺類、二硝基苯胺類除草劑、乙氧氟草醚、惡草酮等除草劑。
在播種后覆膜前施用，兌水土表噴施，可以用50%乙草胺乳油50~75ml/畝，或72%異丙甲草胺乳油75~100ml/畝，或72%異丙草胺乳油75~100ml/畝，或33%二甲戊樂靈乳油75~100ml/畝，或50%乙草胺乳油50ml/畝+24%乙氧氟草醚乳油10ml/畝或12%惡草酮乳油100ml/畝，兌水50~80kg/畝噴霧土表。棉花幼苗期，遇低溫、多濕、苗床積水或藥量過多，易受藥害。其藥害癥狀為葉片皺縮，待棉花長至3片復葉以后，溫度升高可以恢復正常生長，對棉苗基本列影響。
棉花生長期雜草的防治
對于多數棉田，馬唐、狗尾草發生為害嚴重，占雜草的絕大多數。在雜草基本出齊，且雜草入球幼苗期時應及時施藥。具體藥劑如下：5%精喹禾靈乳油50~75ml/畝，或10.5%蓋草能乳油20~40ml/畝，或12.5%稀禾定乳油50~75ml/畝，或24%等稀草酮乳油20~40ml/畝，施藥時視草情、墑情確定用藥量。草大、墑差時適當加大用藥量。兌水30kg/畝均勻噴施。
對于個別棉田，在棉花生產中后期由于中耕管理未能跟上，田間雜草發生較多。在棉花具有一定高度的情況下可以施用滅生性除草劑進行防治，可以用20%百草枯水劑200~300ml/畝，施藥時加水40kg配成藥液，定向噴于棉株行間。在棉花現蕾以后，株高60cm以上進行，定向噴于棉株行間。在棉花現蕾以后、株高60cm以上時進行，雜草4葉期，用10%草甘膦水劑200~250ml/畝；雜草在6葉以上，用400~600ml/畝。施藥時加水40kg配成藥液，定向噴于棉株行間。操作時噴頭上應增設保護罩，并壓低噴嘴，防止藥液沾染棉共幼蕾或葉片。藥后4小時內遇雨不影響藥效。