西甜瓜苗期病害主要有猝倒病、立枯病、炭疽病、漚根等。
苗期病害的癥狀
1.猝倒病：是西甜瓜苗期的一種主要病害。幼苗受害，在近土面的幼苗胚莖基部先呈水漬狀病斑，隨后病部變為黃褐色，干枯收縮成線狀，在子葉凋萎前，幼苗便猝倒。
2.立枯病：患病幼苗莖部產生橢圓形暗褐色病斑，早期病苗中午萎蔫，早晚恢復，病部逐漸凹陷，擴大繞莖1周，并縊縮干枯，植株枯死。發病輕的幼苗僅在莖基部形成褐色病斑，幼苗生長不良，但不枯死。
3.炭疽病：炭疽病在西甜瓜整個生育期都有發生。幼苗期發病，主要是子葉受害，多在葉邊緣出現圓形或半圓形病斑，呈褐色，上邊長出黑色小點及淡紅色粘稠物。
4.漚根：幼苗出土后長期不發新根。幼根外皮銹褐色，逐漸腐爛，不發新葉，病苗很容易從土中拔出，嚴重時病株萎蔫枯死。
苗期病害的綜合防治
1.苗床土的處理：西甜瓜苗期的立枯病和猝倒病都是土傳病害，在育苗前15~30天，對營養土進行消毒。可用70%噁霉靈可溶粉劑3000倍噴灑于營養土上并充分拌勻并堆漚，用量為每方營養土使用70%噁霉靈可溶粉劑5-8克。也可以按上述用量在灌水燜苗床前將藥劑施于營養缽土的表面，使其隨水滲入營養土中。
2.培育壯苗：苗床夜間要做好保溫工作，防止冷風和低溫侵襲，避免幼苗受凍。白天應加強通風換氣，降低苗床溫度和濕度，使幼苗生長健壯，提高抗病力。西甜瓜出苗適宜土溫為20℃~25℃，出苗后的白天溫度控制在25℃~30℃，夜間15℃~16℃，定植前5天開始降溫煉苗。西甜瓜苗在3片真葉以后，如果瓜苗擁擠，很易徒長，主要原因是群體內部光照較弱，應注意拉開苗缽間距，使瓜苗充分受光。夜溫保持在15℃以下，床土不宜過濕（瓜苗中午不萎蔫為準）。若苗床需澆水，應以晴天上午10時~12時為宜，澆水后應放風降濕，提高土溫。幼苗3片真葉左右時，可進行葉面噴肥，提高瓜苗的抗病性。
3.藥劑防治：當苗床開始零星發生立枯、猝倒病苗時，要立即拔去病株，同時選用70%噁霉靈可溶粉劑3000倍+植物生長調節劑、或30%醚菌酯懸浮劑2000倍+植物生長調節劑、70%甲基硫菌靈可濕性粉劑800倍+植物生長調節劑進行噴霧，要注意三種藥劑輪換使用。