大蔥根腐病與漚根癥狀相似，屬真菌性病害。是一種由腐霉、鐮刀菌、疫霉等多種病原侵染引起的病害。病菌在土壤中或病殘體上越冬，成為翌年主要初侵染源，病菌從根莖部或根部傷口侵入，通過雨水或灌溉水進行傳播和蔓延。
大蔥根腐病的病癥
大蔥根腐病在5月進入發病盛期，其發生與氣候條件關系很大。主要危害幼苗，成株期也能發病。發病初期，僅僅是個別支根和須根感病，后逐漸向主根擴展。主根感病后，早期植株不表現癥狀，后隨著根部腐爛程度的加劇，吸收水分和養分的功能逐漸減弱，地上部分因養分供不應求，新葉首先發黃，在中午前后光照強、蒸發量大時，植株上部葉片才出現萎蔫，但夜間又能恢復。病情嚴重時，萎蔫狀況夜間也不能再恢復，整株葉片發黃、枯萎，根皮變褐，全株死亡。
大蔥根腐病的防治方法
合理輪作重茬是造成大蔥根腐病的關鍵因素。由于連續多年種植，土壤中病原菌增多，極易造成大蔥因感染重茬病害根腐死棵。所以，在種植大蔥的地塊與其他作物輪作很重要，但注意不要與大蒜、韭菜輪作。
控制土壤濕度種植大蔥過程中，若培土時土壤濕度過大，會影響大蔥根部的正常呼吸，使大蔥自身抗性下降，加劇病害發生。所以在多雨季節，要注意做好大田排水，避免積水漚根，誘發大蔥根腐病。
沖施生物菌肥對于大蔥根腐病的防治，做好前期的預防很關鍵。在大蔥培土前，可隨水沖施生物菌肥，增加土壤有益菌，抑制病原菌浸染。
噴施藥劑因為根腐病屬細菌性病害，具有傳染性。所以，在發生了根腐病的地塊噴施藥劑，對未發病的種植區域做好防范很關鍵。張樹學建議農戶，噴施的藥劑可選用甲基硫菌靈和硫酸鏈霉素。