保護地由于長期連作種植，造成病菌、蟲卵積聚；過多施用生理酸性肥料、過量施用氮肥，同時有機肥施用又偏少，土壤緩沖性差，因而使土壤酸化，嚴重時作物會出現死苗，生長點壞死等現象。
施肥種類單一、過量，造成土壤鹽分上升，鹽害加重。因此，保護地土壤的酸化、鹽化等各方面改良問題尤為重要。
保護地土壤應選擇土層厚度在50-70厘米，有機質含量2.5-3.5%，全氮0.1-0.15%，全磷0.1-0.25%，質地疏松，耕性好的壤土，其空隙度較大，透氣性好，土壤溶液呈中性或偏酸性，具有較強的緩沖能力，施肥后不易出現肥害，施肥不及時也不會出現肥害及脫肥現象。
一、土壤酸化
連作保護地由于長期施用生理酸性肥料，過量施用氮肥，使硝態氮大量積聚，同時農家肥施用量又偏少，土壤緩沖性差，因而使土壤酸化，嚴重時作物會出現死苗，生長點壞死等現象。
二、土壤鹽漬化
保護地全年土溫較高，加之較高的濕度，土壤微生物活動旺盛，加速了土壤養分轉化和有機物質的分解速度，同時由于常年不合理的過量施肥，又缺少雨水淋溶，使殘留在土壤中的各種肥料鹽分隨澆灌水向耕層積聚，形成次生鹽漬化。
據測定當土壤鹽份濃度達0.3%-0.5%時，因高于植物細胞溶液濃度，作物吸水困難，易發生凋萎，當土壤當中的堿解氮、有效磷、鉀，超過鹽害臨界濃度時，作物易發生鹽分毒害，影響植株根系吸水吸肥甚至生長，發生整體萎蔫死苗。
三、二氧化氮和氨過剩中毒
農民在保護地施肥時往往偏施氮肥，以為氮肥快，易增產，但卻忽略了氮肥過多的情況下，銨態氮易轉化為亞硝酸二氧化氮氣化，當二氧化氮濃度達到2×10-6時，就會毒害蔬菜葉片。
葉背產生白斑和黃色小斑點等肥害狀，同時植株內游離氨過多，植物免疫力會大幅下降，蔓枯病、炭疽病、霜霉病、病毒病等病蟲害易嚴重發生。
四、土壤養分失衡
土壤養分失衡造成生理缺素障害，在連作情況下，連續大量施用相同或相似的肥料，而特定作物對養分的吸收具有一定的選擇性，這樣會使某些元素過度缺乏，而某些元素又過多剩余積累，造成土壤養分不均衡。
土壤養分失衡具體原因如下：
1、化肥多，農家肥少，影響蔬菜的自然品質。
2、氮肥過多，鉀肥缺乏，會降低氮肥利用率，增加肥害。
3、大量元素肥料多，往往會降低中、微量元素肥料的有效性，如氮磷過多就會降低鈣、硼、鋅等養分的有效性，連作保護地易發生缺鈣引起的大白菜干燒心，番茄、甜椒臍腐病等，缺硼引起蘿卜、芹菜莖裂病，葉片扭曲變厚變脆等癥狀。
五、土壤微生物群體異化，產生一些生物毒性物質
同種作物根系分泌物相同，導致某些土壤微生物大量繁衍，某些土壤微生物被抑制，這樣微生物群體就會異化，從而不利于土壤的熟化和肥料營養的分解轉化，易造成土壤性能惡化。
另外，連作土壤中微生物群體發生變化可使病殘體逐年積累，土壤病原真菌數量迅速增加，拮抗性細菌和放線菌受到抑制，會造成枯萎病，青枯病和根結線蟲等土傳病害的嚴重發生。
六、防治措施
1、應用秸稈生物反應堆技術
秸稈在微生物發酵菌等作用下，定向轉化成植物生長所需的二氧化碳，熱量抗病孢子、酶、有機和無機養料，在反應堆種植層內，25厘米耕作層土壤孔隙度提高一倍以上，有益微生物群體增多，水、肥、氣、熱適中，對保護地土壤連作障害有治本的作用。
2、土壤消毒
（1）大水浸泡：有條件的地方，可利用作物休閑的季節，進行20天左右的土壤浸泡，能顯著地消滅土壤中有害雜菌與病蟲。
（2）夏季高溫悶棚技術：溫室大棚在高溫季節晴天的上午，地面噴施殺蟲殺菌劑，每30斤藥液加100毫升酒精，及時覆蓋上地膜，密閉棚膜，使棚內溫度高達70℃以上，以殺死棚內和土壤中部分病菌和蟲卵。悶棚時間一般掌握在15-20天，1個月更好。
（3）濕熱殺菌法：可以有效的殺死土壤中的各種線蟲、有害真菌和細菌，解決重茬死苗的難題。具體方法：在冬春茬蔬菜拉秧后進行，每畝撒施70千克生石灰粉，10-15立方米生雞糞或其他畜禽糞便，植物秸稈3000千克，微生物發酵菌種8千克。
用旋耕梨旋耕一遍，使桔稈、畜禽糞便、菌種攪拌均勻，然后深翻土地35厘米，澆透水，蓋上地膜，扣嚴棚膜，保持一個月左右，去掉地膜，耕地一遍，裸地晾曬一周，即可達到殺滅病菌、活化土壤的效果。
該法對重茬導致的土傳病害具有明顯的防治效果，其中對危害黃瓜嚴重的嫁接黃瓜根腐病和根結線蟲病防效。對于嫁接口細菌性腐爛病也有明顯效果。
3、增施腐熟的農家肥
多年連作的大棚要移棚換茬，對耕性差的黏質土要壓沙改良，對保水保肥性能低的沙質土要摻黏土改良。培肥菜地應以基施農家肥為主，農家肥養分全面，對土壤酸堿度、鹽分、通透性等有很強的緩沖調節作用。
保護地地常用的農家肥主要有腐熟人糞尿、畜禽糞、土雜肥和草木灰等，各種物料一定要經過充分腐熟后再施用。
4、平衡施肥
化肥施用不合理，尤其是氮肥施用過多，是連作保護地土壤障害的主導因素。因此平衡施肥是保護地生產、高產、優質、高效的關鍵措施，建議增施有機活化營養、高鉀高鈣套餐肥嘉美金利、海力寶、贏利來，調理土壤，活化營養，促進養分吸收和轉化，秧壯果多，產量高。
5、合理間作、輪作倒茬
利用不同蔬菜作物對養分需求和病蟲害抗性的差異，進行合理的輪作和間、混、套作，也可以減輕土壤障害和土傳病害的發生。
間作：茄子間種大蔥韭菜防治螞蟻；大棚辣椒與黃瓜間作，有效防治辣椒炭疽病和黃瓜霜霉病；大白菜等十字花科蔬菜與萵苣間作驅避菜青蟲；大蒜與油菜間作驅避菜蚜；大蒜與棉花間作驅避棉蚜；番茄與甘藍間作驅避甘藍害蟲；洋蔥與豌豆間作防治豌豆黑斑病；韭菜與大白菜間作防治大白菜軟腐病。
6、土壤洗鹽深耕
對土壤中某種鹽分含量超過0.2%的菜地，可進行大水漫灌，沖洗鹽分。鹽害嚴重時，可停種一年蔬菜，改種一茬吸鹽植物，進行生物脫鹽。
對土壤深翻35-40厘米，可以增加土壤耕作層，破除土壤板結，提高土壤通透性，改善土壤理化性狀，消除土壤連作障害。結合深翻整地用棉隆顆粒劑進行化學消毒，也可有效減輕連作障害的發生。
7、調節土壤pH值
蔬菜連作引起土壤酸化是一種普遍現象，每年對棚內土壤要作一次pH值檢測，當pH≤5.5時，翻地時每畝可施用石灰50-100公斤，與土壤充分混勻，這樣不但可提高pH值，還對土壤病菌也有一定得殺滅作用。
8、利用抗性品種和嫁接技術
選用抗病、優質、高產品種，是提高抗病能力的前提，也是防治土傳病害為經濟有效的措施。利用嫁接技術防治根系病害，選擇高抗根結線蟲和根部健壯的品種作為嫁接砧木，如用黑籽南瓜嫁接黃瓜等已有多年成功的經驗。特別在病害流行年和地區，與其他防治措施結合，是蔬菜穩產和豐產的重要。
9、藥劑防治
可根據病害種類，選用相應的藥劑，在播種前進行土壤消毒，生長期進行噴霧和灌根。灌根方式除采用淋施外，還可將噴霧器的噴頭取下，直接用噴霧桿施藥灌根。
在生長期防治如根腐病可選用藥劑為：惡霉靈、咯菌腈、立枯凈、DT等藥劑；防治枯萎病、黃萎病可選用藥劑：增效多菌靈、精甲霜靈、DT、絡氨酮水劑等；防治疫病可選用藥劑：甲霜靈錳鋅、百菌清等；防治青枯病的藥劑：氟哌酸、農用硫酸鏈霉素、可殺得、氯溴異氰尿酸、DT等。