目前華中區域基地秋季的辣椒品類主要為薄皮椒和果肉較厚的菜椒系列，其它品類有部分螺絲椒和線椒，菜椒系列品種產量高，抗病蟲害能力強，耐高低溫，但是果型差強人意，薄皮椒果型好，產量高，但是相對而言耐低溫能力稍弱。
移栽后的管理主要內容：
1.補苗以及緩苗期水的供應。
華中區域基地秋季辣椒七月份育苗，八月上中旬開始移栽，因為育苗季節溫度比較高，所以苗期水的供應太多容易引起辣椒苗的嚴重徒長，這樣會導致移栽后辣椒苗緩苗較慢。近期是育苗的高峰期，要做的工作為育苗穴盤遮陽控溫，辣椒種子的出苗率，出苗后注意穴盤中水的供應，高溫導致水分容易揮發損失，早晚時間關注育苗盤水分情況，及時補充水分，以基質為主的育苗穴盤澆水時一定澆透水，
加徒長苗使得水的供應尤為重要，同時開始補苗，盡量挑選小苗補，時間挑在下午進行，防止正午高溫的影響，提高成活率。
2.活苗后水肥的供應。
在辣椒苗移栽后新根長出，開始長新葉子的時候帶肥澆水，主要時間在八月二十五號左右。這次的追肥主要以提苗為目的，因為此時的溫度比較高，追肥時請慎重選擇尿素防止縮二脲的產生，一般選擇平衡性水溶肥或者有機水溶肥為宜。
3.病蟲害的防治。
九月的溫度相對而言還是比較高，棚內的溫度達到三十度以上，這種天氣導致了秋季很容易發生病毒病危害，在這段時間開始用藥，主要防治病毒病，因為病毒病主要是通過蚜蟲傳播，所以蚜蟲要一并防治，早期的苗長勢如果不是很旺，適當加葉面肥或者生物刺激素。在這次藥之后要根據田間的情況控制用藥的時間和次數，秋季辣椒的常見蟲害主要是蚜蟲、菜青蟲、夜蛾之類，病害主要有青枯病、病毒病、瘡痂病，濕度大時會有灰霉病的情況發生。
4.第二次追肥。
九月中下旬辣椒苗開始逐步現蕾開花，這段時間第二遍追肥要跟上，根據長勢選擇肥料，如果長勢偏弱，加高氮或者平衡型水溶肥，如果長勢比較旺盛，為防止辣椒瘋長導致辣椒落花發生，所以主要以高磷鉀型沖施肥為主，因為有的棚子前一兩茬是辣椒，重茬的副作用會比較明顯，所以這時候農用硫酸鏈霉素等細菌性殺菌劑要隨水一起沖施，同時達到預防辣椒癌癥青枯病的效果。
5.整枝。
辣椒一般采用三叉整枝，即留三根枝。辣椒苗在出現分枝之后將分枝以下的側芽全部去掉，特別是側枝長的旺盛的植株，因為辣椒的側枝掛果量少，而且容易徒長導致肥料養分的浪費，側枝去除后能很好的肥料養分的充分有效利用，這個操作可在九月下旬以后進行。
6.采收期追肥。
十月份辣椒的采收期就到了此時要及時追肥，辣椒屬于淺根系作物，追肥時以少量多次為宜，此時辣椒對肥料養分的需求量猛增，所以追肥以高鉀和平衡型水溶肥為主，間隔期5-7天，用量5-8公斤/畝，可適量增減。如果到辣椒采收高峰期時追肥次數要頻繁可以三到五天追肥一次。同時要水的供應以保持棚內土壤濕潤，每次追肥時適當延長澆水時間，但是不能讓棚中廂溝積水。九十月份要注意經常棚內的通風透氣，防止病菌在大棚內蔓延的同時防止因溫度高引起植株的徒長。
7.大棚保溫。
辣椒的采摘主要集中在十月到元旦期間，后期的辣椒保溫是重點。因為從十月下旬開始溫度就會逐步的降低，特別是晚上的溫度較低，所以這個時候相關的保溫設備就要到位，主要是草簾和遮陽網，草簾的保溫性好些但是不好操作，遮陽網反之。當晚上的溫度低于十度的時候就得在大棚內搭小拱棚保溫，溫度更低時要加蓋草簾或者遮陽網。
注意事項：
1辣椒耐旱不耐澇，所以大棚內的地面不能有積水，若是下雨后有積水要及時排出。同時下雨時禁止辣椒苗淋雨，否則會出現死苗的現象。
2門椒及時采收否則影響后續的產量。
3大棚膜掀膜蓋膜，當夜間溫度低于20度是可以蓋膜，白天盡量掀膜，隨時大棚內通風透氣；嚴禁大棚緊閉的現象發生，除非溫度特別低。
4農藥的使用要交換更替，以防病蟲抗性的產生。