上海大井生物工程有限公司于2002年在上海交通大學慧谷科技園注冊成立。公司由上海交大農業科技有限公司、上海交大農學院農業生物工程訓練中心等共同出資組建。
公司始終緊密依托上海交通大學科技、人才、多學科綜合等資源優勢，專注于現代農業生態資源的可持續發展，農業生態環境修復治理等領域的技術研發和產品創制。
公司成立后積極開展國際合作，與日本、美國等相關微生物研究所、專家合作，在農業廢棄物發酵菌劑和農業環境水處理生物菌劑等方面研發生產取得了豐碩的成果。
2008年公司與上海交通大學農業環境微生物工程研究所合作組成研發團隊，先后承擔國家及上海市科委和農委重點科技攻關項目等20余項。
公司利用現代生物工程技術，在防治現代農業病蟲草害、減少化學農藥殘留、重金屬超量富集、農業廢棄物和土壤鹽漬化等方面，創制了哈茨木霉益菌土壤修復劑等農業環境污染和生物災害控制的各種關鍵技術和產品。2012年公司成功取得了農業部頒發的哈茨木霉微生物肥證，2013年1月公司哈茨木霉菌項目還獲得了國家教育部頒發的科技進步一等獎等榮譽。
公司在上海浦東新區航頭鎮建成了占地3萬平米、集成生態循環前沿技術的現代化終端產品創制基地，公司國際部在上海世貿商城國際采購中心，公司運營總部、研發中心、種質資源庫在上海交通大學七寶校區內。
公司秉承“交大科技、鑿井成源”的理念，積極探索創新產、學、研融合模式，應對市場的需求，為我國現代農業可持續健康發展作出貢獻。