云南省微生物發酵工程研究中心有限公司（簡稱工程中心）是根據國家中長期科技發展綱要和國家生物產業發展需求，為構建區域技術創新體系，提高技術創新能力，加大科技成果轉化力度，采用“產、學、研”相結合的方式，由工程中心與科研院校共同組建成立的具有法人資格的工程研究中心。
2008年12月經云南省發展改革委員會考核認定為云南批省級“工程研究中心”。2009年6月經國家發展改革委員會認定為“微生物菌種篩選與應用國家地方聯合工程研究中心”。工程中心在國家產業政策的指導下，與各級科研院所緊密合作，建立專業研發團隊，推進基礎研究、應用研究與產業開發整合，增強自主創新能力，為現代農業生產和農用微生物產業化發展提供科學依據和技術支撐，更好地服務于綠色、無公害、有機農業的可持續發展。
云南省微生物發酵工程研究中心有限公司占地102畝，設有微生物菌株基因工程改造技術平臺、微生物發酵工程及工程化驗證平臺、微生物菌種保藏中心等相關技術平臺。工程中心目前已經篩選了大量具有解磷、解鉀、抗病、促生長功能的微生物，并制成農用微生物菌劑產品，同時針對有機物料的定向快速腐熟進行腐熟菌劑的研制。應用微生物技術開發環境友好型微生物肥料、有機肥料及其他微生物產品，實現節約資源，促進節能減排，倡導綠色，保護生態，提高農產品性，促進農業可持續發展，實現有機廢棄物的綜合利用。同時持續進行科技成果轉化，增強自主創新能力，培養微生物工程方面和農業微生物運用領域的高水平技術人才，建成面向東南亞的先進微生物篩選和運用平臺。
工程中心于2013年建立質量、環境、職業健康管理體系，形成三個體系的整合型《管理手冊》（YWF-Q/E/O-SCA版），2013年5月通過新世紀檢驗認證工程中心的現場審核。并取得質量、環境、職業健康管理體系認證證書。
工程中心通過技術創新和科技研發，強化科研成果轉化、優化產業結構，整合云南省優勢生物資源，全力打造面向東南亞的先進微生物篩選和運用平臺，讓工程中心助推現代農業可持續發展的同時獲得長足的發展空間。