重視對藥劑的劑型選擇。農藥來浸種使用的是藥劑的稀釋液，所使用藥劑必須要溶于水。不能使用粉劑進行浸種，這是由于粉劑不溶于水，藥粉將會浮于水面或是出現下沉，種子沾藥不會均勻，不會起到浸種殺滅病菌的效果。
精確的配制藥。進行浸種所使用的藥劑濃度并不是依據種子的重量來計算的，通常是根據藥劑的有效成分含量來計算。浸種的藥劑濃度通常與浸種的時間有著密切的關系，在藥劑濃度低的時候進行浸種時間可以稍微長一點，藥劑濃度高時候浸種的時間可以縮短，若是不準確掌握好濃度，就會極易的造成藥害或是降低浸種的效果。
控制好浸種時間。藥劑浸種必須要有特定時間要求，時間太長會造成藥害，太短就不會達到消毒的目的。具體的浸種時間需要按照藥品使用說明進行合理的操作。
浸過的種子需要用清水將其沖洗以及晾曬。對藥劑承受力比較差的種子在浸過之后，需要根據要求使用清水沖洗，防止產生藥害。若是沒有具體說要在浸后水洗的就不必要用水洗。不管需要還是不需要水洗，通常在浸泡之后都應該將其攤開晾干，但有的也能夠在浸后直接去種植，這要按照農藥的種類以及土壤墑情而確定。
藥液面需要高出種子。在浸泡種子時，藥液需要高出種子大約16厘米之后，以此來防止種子在吸水膨脹之后會露出藥液，使浸種效果降低。