蒜苗施肥分為栽培期的基肥及后期生長的追肥，基肥可結合整地施用，追肥則最少需追兩次肥，其他時間可根據蒜苗生長情況酌情增減施肥量。
蒜苗栽培生育期，需肥較少，但植株種植密度大，單位面積上的吸肥量較多。同時蒜苗栽培多用較小的蒜瓣作種蒜，母瓣提供的營養少，故土壤需肥增多。加之食用部分是假莖（即葉鞘部分，又叫蒜白）和幼嫩的葉片，要求蒜苗柔嫩多汁，味道鮮美，因此蒜苗栽培施肥不可忽視。
蒜苗栽培施肥施肥一是要施足基肥，二是不須蹲苗，要一促到底。基肥可結合整地，667平方米施腐熟圈肥4000-5000千克，或人畜糞2500-3000千克，或施農家肥5000千克，加碳酸氫銨15-20千克，過磷酸鈣50千克作基肥施入。
蒜苗追肥一般追施2-3次，以速效肥為宜，并以氮素化肥為主。第一次追肥，一般在苗出齊后進行，667平方米施腐熟人糞尿1000-1500千克，或尿素10-15千克；第二次追肥可在收獲前15天左右進行，施用量可與第一次相同。如收獲較晚時，可在兩次追肥之間加追一次肥，追肥數量一般667平方米施尿素15-20千克。春后收獲的，要結合澆返青水，追施返青肥，以加速返青，提高蒜苗的品質和產量。溫室栽培蒜苗，要配制肥沃的培養土。追肥主要是通過葉面進行根外追肥。在苗高5厘米后，每平方米澆施20克尿素水，以后每隔7天噴施一次300倍的磷酸二銨水溶液，每次葉面施肥后，都要用清水沖洗葉面，以免發生肥害。