堿性土壤不同于普通土壤，在種植作物和施肥時都需要特別注意。在堿性土壤條件下直接施用無機鹽肥料，如硫酸亞鐵、硫酸錳和硫酸鋅等幾乎收不到應有效果。同時，在堿性土壤條件下，作物很易發生各種生理病害即微量元素缺乏癥。那么堿性土壤如何施肥？
如何才能提高堿性土壤的施肥效果，規避作物微量元素缺乏癥的發生呢？
多途徑增施有機肥料是改善堿性土壤的方式之一。既可通過秸稈還田，或間作綠肥，或果（菜）園覆草等途徑增施有機肥料，又可以直接施用經腐熟的以人畜糞為主的農家肥料。
科學合理選肥用肥。在選肥用肥上。要考慮土壤堿性特征，一方面要注意優先使用磷酸二銨或過磷酸鈣。因為堿性土壤施用鈣鎂磷肥或磷礦粉基本無效。而磷酸二銨和過磷酸鈣使用效果很好，磷酸二銨呈顆粒狀，有利提高土壤有效磷含量：磷含量較高的土壤施用過磷酸鈣，過磷酸鈣中含有一定硫酸，有利土壤有效成分的活化。另一方面又要盡量選用生理酸性氮、鉀肥料，如硫酸銨、氯化銨和氯化鉀等。還可以適當施用石膏、磷石膏、硫酸亞鐵、硫磺粉、酸性風化煤等，但不要施用堿性肥料，如氨水、碳酸氫銨、草木灰等，特別禁忌施用強堿性肥料石灰。
及時補充微量元素。堿性土壤極易發生鋅、硼、錳、銅、鐵等微量元素缺乏癥，這是堿性土壤作物高產一大障礙。基施時可將微肥同有機肥料一起腐漚一定時間，以增加微肥的有效性。在微肥不足生長季節發生的缺素癥時，應及時用相應的有機螯合肥進行葉面噴施，以減輕生理病害的危害程度。