設施栽培是露天種植產量的3.5倍，發展設施農業是解決我國人多地少制約可持續發展問題的有效技術工程。但近年來設施栽培化肥使用不合理不科學問題突出，不僅造成資源浪費，還影響果蔬品質。為加快推廣設施番茄有機肥替代化肥技術模式，普及科學施肥技術，提高肥料使用效率，促進有機肥施用到田，農業農村部種植業管理司會同全國農業技術推廣服務中心、農業農村部科學施肥專家指導組特制定本意見。
“有機肥+配方肥”模式
（1）基肥
移栽前，每畝施用豬糞、雞糞、牛糞等經過充分腐熟的優質堆漚有機肥3-4方，或商品有機肥（含生物有機肥）350-400公斤，同時施用（18-18-9或相近配方）配方肥30-40公斤。
（2）追肥
在苗期、開花坐果期、果實膨大期，每次每畝施用（15-5-25或相近配方）的配方肥6-10公斤，分7-10次隨水追施。根據收獲情況，每收獲1-2次追肥1次。
“菜—沼—畜”模式
根據沼氣發酵技術要求，將畜禽糞便、秸稈、蔬菜殘茬等有機物料投入沼氣發酵池中，進行發酵和化處理，后經干濕分離，分沼渣和沼液施用。沼液采用機械化或半機械化灌溉技術直接入園施用，沼渣于秋冬季做基肥施用。
（1）基肥
每畝施用沼渣3.5-5方，或豬糞、雞糞、牛糞等經過充分腐熟的優質堆漚有機肥3-4方，或商品有機肥（含生物有機肥）350-400公斤，同時施用（14-16-15或相近配方）的配方肥40-50公斤。
（2）追肥
在苗期、初花期，分別施用沼液每畝0.5-1方。在坐果期和果實膨大期，每次每畝施用沼液0.5-1方、（15-5-25或相近配方）配方肥5-8公斤。每生長季施用5-8次。
“有機肥+水肥一體化”模式
（1）基肥
移栽前，每畝施用豬糞、雞糞、牛糞等經過充分腐熟的優質堆漚有機肥3-4方，或商品有機肥（含生物有機肥）350-400公斤，同時施用（18-18-9或相近配方）配方肥30-40公斤。
（2）追肥
定植后前兩次只灌水，不施肥，灌水量為每次每畝15-20方。苗期建議每次每畝施用（20-10-20或相近配方）水溶肥3-5公斤，每隔5-10天灌水施肥一次，灌水量為每次每畝10-15方，共3-5次。開花坐果期和果實膨大期每次每畝施用（19-8-27或相近配方）水溶肥2-3.5公斤，灌水量為每畝5-15方，每隔7-10天一次，共10-15次。注意秋冬茬前期（8月至9月）灌水施肥頻率較高，而冬春茬在果實膨大期（4月至5月）灌水施肥頻率較高。
“秸稈生物反應堆”模式
（1）秸稈生物反應堆構建
晚秋、冬季、早春建內置反應堆，如果不受茬口限制，盡量在作物定植前10-20天做好，澆水、打孔待用。晚春和早秋可現建現用。
行下內置式反應堆：在定植行位置，挖一條寬70厘米、深20厘米的溝，把秸稈填入溝內，鋪勻、踏實，填放秸稈高度為30厘米，兩端讓部分秸稈露出地面，把150-200公斤餅肥和用麥麩拌好的菌種均勻地撒在秸稈上，再用鐵锨輕拍一遍，讓部分菌種漏入下層，覆土18-20厘米。在行間澆大水濕透秸稈，水面高度達到壟高的四分之三。澆水3-4天后，在定植行上用14#鋼筋打3行孔，行距20-25厘米，孔距20厘米，孔深以穿透秸稈層為準，等待定植。
行間內置式反應堆：在行間，挖一條寬度為50-60厘米、深15厘米的溝，將土培放壟背上，或放兩頭，把提前準備好的秸稈填入溝內，鋪勻、踏實，高度為25厘米，兩端讓部分秸稈露出地面，把用麥麩拌好的菌種均勻地撒在秸稈上，再用鐵锨輕拍一遍，讓部分菌種漏入下層，覆土10厘米。澆水濕透秸稈，然后及時打孔即可。
注意事項：
一是秸稈用量要和菌種用量搭配好，每500公斤秸稈用菌種1公斤。
二是澆水時不要沖施化學農藥，特別要禁沖殺菌劑，但作物上可噴農藥預防病蟲害。
三是澆水澆行間，澆水后4-5天要及時打孔，用14#鋼筋每隔25厘米打一個孔，要打到秸稈底部，澆水后孔被堵死要再打孔，地膜上也要打孔。每次打孔要與前次打的孔錯位10厘米，生長期內保持每月打一次孔。
四是減少澆水次數，一般常規栽培澆2-3次水的，用該項技術只澆一次水即可。有條件的，用微灌控水增產效果更佳。在首次澆水濕透秸稈的情況下，定植時不要再澆大水，只澆小緩苗水。
（2）基肥
每畝施用（18-18-9或相近配方）配方肥30-40公斤，施用方式為穴施。
（3）追肥
在苗期、開花坐果期、果實膨大期，每次每畝施用（15-5-25或相近配方）配方肥6-10公斤。施用7-10次。根據收獲情況，每收獲1-2次追肥1次。（來源：全國農技推廣）