芹菜的主要病害有斑枯病、葉斑病、軟腐病、菌核病、根結線蟲病、病毒病等。主要害蟲有斑潛蠅、蚜蟲、甜菜夜蛾、斜紋夜蛾、薊馬、粉虱等。針對不同栽培模式的保護地或露地芹菜，防治中應明確主要防控對象，有的放矢，提高防治效果。
一、健身栽培
輪作控害：避免與芹菜、香菜、胡蘿卜等傘形科蔬菜重茬，通過與水稻、蔥蒜、玉米、茄果類作物的輪作，有效控制斑枯病、根結線蟲病等病害。
健康種苗：播種前進行種子處理；選用抗斑枯病、軟腐病、菌核病的抗（耐）病品種。
清潔田園：采收后、生長期及時清理殘株、敗葉，并集中進行化處理，減少病蟲源以及提高田間通透性。
二、土壤消毒
太陽能高溫悶棚：利用夏季高溫休閑期，土壤灌水后，施用半腐熟的作物秸稈或者腐熟的糞肥，跟土壤充分混合后覆膜，蓋棚、密閉，保持棚內高溫高濕狀態、棚溫升高至70亡以上持續10-15天。
藥劑土壤消毒：根結線蟲病等土傳病害發病重的地塊，在夏季高溫季節，深翻地25厘米，每畝撒施500公斤切碎的稻草或麥秸，撒石灰。
氮40-80公斤后旋耕混勻、起壟，鋪地膜后灌水，土壤濕度在60%以上，保持20天。
三、適時釋放天敵
優先采用生物制劑防治蚜蟲、粉虱、薊馬等害蟲，壓低蟲源基數，施藥7一10天后，棚內初見害蟲時釋放天敵昆蟲，使用食蚜蠅防治蚜蟲，麗蚜小蜂防治粉虱，智利小植綏螨防治害螨，小花蝽防治薊馬。釋放天敵后做好蟲害監測，及時采取必要的藥劑防治。
四、科學理化誘控
設置防蟲網：在棚室|]口和通風口安裝40-60目防蟲網，兼顧防蟲和降低棚內濕度。
昆蟲信息素誘殺：每畝安裝一組昆蟲信息素誘捕器誘殺斜紋夜蛾、甜菜夜蛾等成蟲。
燈光誘殺：在鱗翅目等害蟲成蟲盛發期，開展連片燈光誘殺。
色板誘殺：成蟲從田外遷入棚內芹菜時，黃板誘殺有翅蚜、斑潛蠅，藍板誘殺薊馬，可有效壓低害蟲基數。
五、合理用藥
可采取苗期灌根和生長期噴施等方式進行施藥。優先使用生物源農藥，科學選擇高效、低風險化學農藥，注意輪換用藥，嚴格執行間隔期。必要時，按照農業農村部《特色小宗作物農藥殘留風險控制技術指標》的要求，科學制定臨時用藥措施。
蟲害防治：可選用吡蟲啉、吡蚜酮、啶蟲脒、噻蟲嗪等藥劑防治蚜蟲；選用苦皮藤素等藥劑防治甜菜夜蛾、斜紋夜蛾等害蟲。
病害防治：可選用咪鮮胺、苯醚甲環唑等藥劑防治斑枯病、葉斑病、菌核病等病害。來源：全國農技推廣