芹菜種植要求冷涼濕潤的環境條件。但是對日照強度要求不嚴，較耐陰，短日照有利于改善芹菜的品質，所以秋冬季節的芹菜比夏芹菜品質好。種植過程中芹菜主防病害是軟腐病和斑點病。
芹菜種植應防治以下兩種常見病害：
一、芹菜軟腐病的發病原因與防治
芹菜的軟腐病又稱“爛疙瘩”，屬細菌性病害，主要發生在葉柄基部或莖上。病菌還能危害十字花科蔬菜、馬鈴薯、番茄、辣椒、大蔥、洋蔥、胡蘿卜等蔬菜，寄主很廣。
1、癥狀
一般先從柔嫩多汁的葉柄基部開始發病，發病初期先出現水浸狀，形成淡褐色紡錘形或不規則的凹陷斑，后呈濕腐狀，變黑發臭，僅殘留表皮。
2、侵染與傳播
此病在4℃～36℃內均能發生，更適溫度為27℃～30℃。病菌脫離寄主單獨存在于土壤中只能存活15天左右，且不耐干燥和日光。發病后易受腐敗性細菌的侵染，產生臭味。病菌主要隨病殘體在土壤中越冬。發病后通過昆蟲、雨水和灌溉及各種農事操作等傳播，病菌從芹菜的傷口處侵入。由于病菌的寄主很廣，所以一年四季均可在各種蔬菜上侵染和繁殖，對各季栽培的芹菜均可造成危害。芹菜軟腐病的傳播和發生與土壤、植株的傷口及氣候條件密切相關，有傷口時病菌易于侵入，高溫多雨時植株上的傷口更不易愈合，發病加重，容易蔓延。
3、防治方法
1）輪作。芹菜軟腐病主要通過土壤等傳播，重茬地的土壤中易積累大量的病菌，連茬勢必易發病和加重病情。所以，應實行兩年以上的輪作。
2）栽培管理。由于軟腐病菌首先是從植株的傷口處侵入，因此，植株傷口是發病的重要因素之一。為此，在定植、中耕、除草等各種操作過程中，應避免傷根或使植株造成傷口。定植不宜過深，培土不應過高，以免葉柄埋入土中；雨后及時排水；發現病株及時清理，并撒入石灰等消毒；發病期減少或停止澆水，防止大水漫灌。
3）及時防蟲。昆蟲也能在植株上造成傷口，導致發病。所以，應及時防蟲。
芹菜斑點病的發生及防治
芹菜斑點病發生時，病斑連片，葉片干枯。葉柄發病產生梭狀或條狀病斑，灰褐色，稍凹陷，濕度大時出現灰白色霉層，嚴重時葉柄折斷。發生原因是，棚室栽培芹菜，由于晝夜溫差大，結露時間長，容易發病。另外，植株長勢弱也容易發病。
防治技巧。
1、進行2年以上輪作，夏季育苗要遮蔭，合理密植，及早清理病株，提前分次收獲。2、選用無病種子，用48℃溫水浸泡30分鐘。3、加強肥水管理，適時通風，控制空氣濕度。4、發病初期，噴布50%多菌靈可濕性粉劑500倍液，或50%撲海因可濕性粉劑1300~1500倍液，或70%代森錳鋅可濕性粉劑400~500倍液，或77%可殺得可濕性微粒劑500倍液，或80%大生可濕性粉劑800倍液噴布。5、用10%百菌清煙劑200~250克熏煙防治。6、用5%百菌清粉塵劑，每667平方米1000~1100克噴粉。