化學肥料只有在合理施用的情況下才能達到增產的目的。如果化肥施用不適時或施用方法不當，常常會導致作物減產，這就是常說的肥害。
1、脫水型肥害：主要是因為一次性施用化肥過多，或者在土壤水分不足，施肥后土壤內肥料溶液濃度過大，引起農作物細胞內水分反滲透，造成作物脫水。受肥害的植物表現萎蔫，似霜凍或開水燙的一樣，輕者影響生長發育，重者全株死亡。
2、熏傷型肥害：主要是施用氨水、碳酸氫胺等肥料，這類化肥在氣溫較高時施用，容易產生大量的氨氣，對農作物造成傷害，輕者使下部葉尖發黃，影響生長發育，重者使全株赤黃枯死。
3、燒種型肥害：施用種肥用量過多，或者用過磷酸鈣，或用堿性易揮發的碳酸氫銨以及尿素、石灰氮等化肥拌種，常常會出現燒種，導致缺苗。另外，在進行葉面施肥時，使用的濃度過大，也會造成葉片燒壞。
4、毒害型肥害：有些化肥如石灰氮是一種有毒肥料，施入土壤后，要經過一系列的轉化才能被植物吸收，但在轉化過程中會產生一些有毒物質毒害農作物，使其受害或死亡。因此，在施用肥料時要嚴格控制施用量，合理的使用化肥。
肥料使用五大誤區
誤區之一：鈣、鎂、磷肥作追肥。鈣、鎂、磷肥在水中不易溶解，肥效緩慢，不宜作追肥。特別是在農作物生長中期以后作追肥，其利用率較低，效果差。正確施用方法是：鈣、鎂、磷肥只能作基肥與有機肥混施，或作拌種肥。
誤區之二：尿素、碳酸氫銨等氮素肥淺施、撒施或施用濃度過高。尿素是酰胺態氮肥，含氮較高，施入土壤后除少量被植物直接吸收利用外，大部分須經微生物分解轉化成銨態氮才能被作物吸收利用。
碳酸氫銨的性質不穩定，若表面淺施利用率低，同時氮肥淺施追肥量大，濃度過高，揮發出的氨氣會熏傷作物莖葉，造成肥害。正確施用方法是：氮肥作追肥應開溝條施或穴施，深度5～10cm，施后蓋土。作葉面肥噴施應掌握好濃度，小麥、水稻、棉花、玉米等以0.8%～1%為宜：蔬菜噴施濃度宜低。
誤區之三：過磷酸鈣直接拌種。過磷酸鈣中含有3.5%～5%的游離酸，腐蝕性很強，直接拌種會降低種子的發芽率和出苗率。正確施用方法是：作追肥應開溝深施。作種肥時應施在種子的下方或旁側5～6cm處，用土將肥料與種子隔開。
誤區之四：鋅肥與磷肥混合施用。由于鋅、磷之間存在嚴重的“拮抗作用”若將硫酸鋅與過磷酸鈣混合施用，將降低硫酸鋅的肥效。正確施用方法是：鋅肥與磷肥應分開施，分別作基肥、苗肥施用，這樣能提高磷、鋅肥的肥效。
誤區之五：涼水溶解硼砂進行葉面噴施。用涼水溶解硼砂，硼砂會很快出現“再結晶”，而失去肥效。正確施用方法：先將硼砂放入熱水瓶中，加開水溶解，蓋緊瓶塞帶至田間，再加涼水至所需的濃度，可大大提高效果。