近年來，隨著秸稈還田等種植制度和耕作方式變化，加上品種抗性較差、氣候變暖等因素影響，小麥莖基腐病呈逐年快速加重趨勢，已成為我國小麥生產中主要病害之一。該病害不僅造成小麥嚴重減產，而且病菌能夠產生嘔吐毒素等真菌毒素，對糧食生產和人民群眾生命健康構成重大威脅。為推進小麥莖基腐病科學防控，確保小麥生產和質量，全國農業技術推廣服務中心特制定以下防控意見。
小麥莖基腐病防治策略
小麥莖基腐病主要侵染小麥莖基部，在小麥生長全生育期均可能為害，可防不可治，必須立足“預防為主，綜合防控”，重點要落實預防措施。防治策略上應采取以抗病品種和農業防治為基礎、種子處理和春季噴霧為關鍵、生態調控和其他措施為輔助的綜合防控技術，控制病原菌前期侵染，降低后期發病程度，有效降低病害流行風險，確保小麥產量和品質。
小麥莖基腐病防治要點
（一）選用抗耐病品種
種植抗病品種是防治小麥莖基腐病的有效措施，根據近年田間觀測和抗性鑒定情況，開麥18、周麥24、豐德存麥20號、存麥618、徐麥2023、豐德存麥5號、存麥29、鄭麥6687、秋樂168、洛麥26、西農519、中育1702等小麥品種對莖基腐病具有一定抗性，各地可根據具體情況選擇適合當地種植的抗（耐）病品種。
（二）實施保健栽培
1.合理輪作。重發地塊可根據各地生產實際，與水稻、油菜等作物進行1—2年輪作，可有效降低莖基腐病發病程度。
2.精細整地。小麥—玉米連作秸稈還田地塊，秸稈盡量粉碎腐熟還田，播前土壤深翻，深度25—30厘米，將表層秸稈或殘留物翻至土層下，壓低菌源基數，降低病害發生危害。一般每隔2—3年深翻一次。整地時注意整平壓實，保持地表平整度，提高地塊的適播性。小麥播種后，覆土及時鎮壓，確保種（根）土密接，培育壯苗。
3.適期晚播。各地可根據當地小麥莖基腐病發生程度和天氣情況適當晚播，如秋季播種期遇溫度較高的天氣，可適當推遲小麥播種5—10天，以降低冬前侵染；晚播地塊需要適當加大播種量并控制播種深度，適宜的播種深度為3—5厘米。
4.科學肥水管理。發病地塊應增施磷鉀肥和鋅肥，忌偏施氮肥。注意及時澆越冬水。灌漿期天氣干旱有利于加重病情，田間管理中需注意及時澆水。鹽堿地區采用深層地下水澆地易導致發病加重，宜采用地表水灌溉。
（三）加強種子處理
秋季小麥播種后至越冬前是小麥莖基腐病菌侵染的關鍵時期，采取種子包衣或拌種處理是有效預防發病的關鍵。在目前缺少登記藥劑的情況下，可結合小麥其他病害的預防，選用含有咯菌腈·噻蟲胺，苯醚甲環唑·咯菌腈·噻蟲嗪、戊唑醇·吡蟲啉、吡唑醚菌酯、咯菌腈·嘧菌酯、苯醚甲環唑·咯菌腈、氰烯菌酯·戊唑醇、苯醚甲環唑、吡唑醚菌酯、戊唑醇，以及種菌唑、三氟吡啶胺等種子處理懸浮劑包衣或拌種處理小麥種子，預防小麥莖基腐病的發生。
（四）開展返青期防治
在小麥返青至拔節期噴施藥劑可進一步控制莖基腐病的危害，結合小麥紋枯病等苗期其他病害的防治，選用丙硫菌唑、丙硫唑、丙環唑、吡唑醚菌酯、葉菌唑、氰烯菌酯、戊唑醇、苯醚甲環唑、氯氟醚菌唑等在小麥上登記的單劑及其復配制劑等噴霧，在預防紋枯病、白粉病等的同時，可起到兼防莖基腐病的效果。
小麥莖基腐病注意事項
（一）選擇合適施藥器械
小麥返青期至拔節期施藥，盡量采用自走式高架噴霧機或背負式噴霧器，施藥時應注意調低噴頭高度和方向，適當加大用水量，重點噴小麥莖基部，提高防治效果。
（二）加強秸稈腐熟處理
小麥收獲時盡量低茬收割，加大秸稈粉碎還田力度，采取噴施腐熟劑等措施加快秸稈腐熟，減少病菌滋生場所。
（三）加大生物藥劑應用
芽孢桿菌、木霉菌等藥劑拌種及施用生物菌劑對小麥莖基腐病等土傳病害具有一定的防治效果，而且符合農業綠色發展目標，各地可在試驗、示范的基礎上，制定生物和化學藥劑協同防病的方案，逐漸加大推廣應用面積。