不同于普通家用肥料的有機肥。可分為家用和商品類兩種。在我國2002年推出的有機肥標準（NY525-2002）中明確有機肥是要來源于植物和（或）動物，施于土壤以提供植物營養為其主要功能的含碳物料。而這一標準不包括農民自造的農家肥。兩種肥料的區別重點在于“腐熟”和“無害”。因此商品有機肥大大改善了農家肥養分含量較低，體積大；勞動率低，勞動強度大；人畜糞等的無害化程度低，病菌傳播、污染大等"三低三大"問題。下文中提到的有機肥均為商品有機肥。
有機肥有利于改善土壤肥力。有機肥較之化肥的一個突出的特點就是可以培肥土壤，土壤有機質含量是衡量土壤肥力的一項重要指標，是土壤肥力的物質基礎。
土壤有機質直接影響著土壤的保肥性、保水性、緩沖性和通氣狀況等。目前我國耕地中，80%的面積缺氮，50%缺磷，30%缺鉀，有機質不足1%。而各類有機肥資源中通常含有機質60%以上，含氮2.5%，含磷2%以上，不但是良好的肥源，還是良好的土壤改良劑。
有機肥有利于提高產品品質。由于有機肥養分全面，既含有多種無機養分，又含有多種有機養分，還含有大量微生物和酶，保證了果品生長所需養分的全面均衡供給，因而具有改善果品品質，保持其固有營養風味的作用。以氮素營養而言多以NH4+或氨基酸形式供給植物，進入植物細胞后無需消耗大量能量和植物光合作用產物，如糖分和有機酸等，直接參與植物細胞物質的合成，故植物生長快，積累的糖分等物質多，自然農產品質量好，且很少有硝酸鹽等有害物質污染。
制約有機肥發展的問題。2007年全國有機肥施用量僅占肥料施用總量的25%，其中，畜禽糞便利用傳統堆漚方式約占50%，工廠化利用方式不足1%。制約行業發展的主要原因是：一是企業之間肥源和質量參差不齊，缺乏統一的產品標準，很難直接辨別其優劣；二是企業的設備工藝比較簡陋，工業化發展緩慢；三是盡管有機肥有利于土地肥力的增強，但相對化肥而言肥效慢，需隨著時間的推移慢慢地體現在地力上。這種短時間內得不到高回報，使得對土地預期不高或依附不強的農民不愿費時費力地去使用有機肥。
有機肥未來發展機遇。隨著消費升級、節能降耗、綠色食品需求的提升，有機肥將會迎來較大的發展機遇。主要有以下幾個原因：一是化肥價格起伏不定，受煤炭、天然氣、磷礦石、鉀礦石等資源品的制約越來越大。開發新型化肥，減少能源消耗，是未來肥料發展的方向之一；二是有機肥與化肥混合使用，使得產品品質和質量都有提高，幫助下游企業獲得較好的經濟效益；三是針對大家普遍關注的食品安全問題，有機肥可以供給一些專門有機質綠色食品的專用基地，生產有機食品。而這一市場，將為有機肥打開較大的需求缺口。[火爆農化招商網：巖巖]