西紅柿的細菌性軟腐病從果實轉紅期開始發病，很少危害青果。主要侵染兩部分：莖干和果實。
1、侵染莖干。可以造成莖干腐爛，內部中空變褐，能夠造成植株死亡，危害比較嚴重，經常從摘果、掐葉、整枝的傷口開始入侵。
例如，植株打叉過晚，造成的傷口過大，細菌容易侵染；在陰雨天或者露水未干的時候進行田間操作，細菌容易侵染傷口。
2、侵染果實。如果果實施肥或者其他管理不科學，造成果實皴皮、裂果，細菌容易侵染，導致果實內部水爛，有臭味，但是果皮保持良好。
一般在夏秋濕度大時發病嚴重，露天西紅柿發病重于溫室栽培。
防治方法：
1、盡量減少果實以及莖干傷口，防止細菌侵染。在果實膨果盛期，可以葉面噴施硼鈣葉面肥，防止果實裂果或者皴皮。
2、葉面噴施細菌藥劑，例如中生菌素、葉枯唑、喹啉銅等藥劑。
3、及時將病原體（病果、枝葉）清處棚外，因為細菌可以在土壤中殘留，隨著灌溉水等傳播。