為什么要進行土壤消毒呢？因為在作物種植過程中，特別是重茬種植，土壤狀況不斷惡化，三大問題特別突出，一是土壤中病原菌不斷積累，土傳病害日益加重，直接導致作物爛根、死棵、甚至絕產。二是隨著化肥大量使用，土壤鹽漬化問題嚴重，導致作物根系不發達，黃葉早衰，品質變劣，產量大幅度降低。三是連作引起自毒物質積累，作物長勢差，衰敗早。
土壤存在的這些問題，通過一些農藝措施或物理措施能得到有效緩解或解決，如種植抗病品種、部分蔬菜采取嫁接技術可以高抗土傳病害、輪作換茬可以減少病原菌的基數、增施生物菌肥和有機肥能減輕土傳病害和鹽漬化的發生等。
各地大棚施肥習慣不同，種植作物不同，土傳病害和鹽漬化的種類、程度也不同，因此要因棚制宜，區別對待，采取適宜的措施加以解決。
一、對于1-2年新建成的大棚，土傳病害和鹽漬化問題不突出，可以采取增施有機肥和生物菌肥，結合深翻地的措施。可每畝施用優質腐熟雞鴨肥10-20方，諾萊仕、三炬微生物菌肥100公斤。定植時，可采用藥劑穴施和蘸盤，如阿米西達、金雷等蘸盤，穴施生物菌肥等，可大大減少爛根死棵現象。
二、3-5年的大棚，一般土傳病害和鹽漬化中等發生，蔬菜爛根和黃葉早衰現象不同程度發生。這樣的大棚單純依靠生物菌防治爛根死棵效果較差，應該多措并舉，綜合預防病害的發生，如高溫悶棚結合氰胺化鈣、棉隆等熏棚，能有效預防多種土傳病害的發生。同時結合嫁接和抗病品種，預防死棵的效果會更好。土壤鹽漬化要減少化肥用量，增施有機肥，進行輪作換茬或種植一茬綠肥作物（如苜蓿、菠菜、玉米等），必要時采用大水壓鹽措施。
三、5年以上的大棚，連作障礙有的已比較嚴重，尤其是10年左右的，常有黃葉、早衰、爛根、死棵現象，伴有土層表面有白色或紅色或綠色物質。此時使用常規方法消除鹽漬化和土傳病害效果較差，往往事倍功半。解決鹽漬化首先要深翻地，起壟作畦，然后灌大水，通過水的淋溶作用將鹽帶入土壤深層，每年一次。結合輪作換茬、增施有機肥、大幅減少化肥用量，效果會更加突出。土傳病害十分嚴重的，要使用棉隆、溴甲烷等熏蒸消毒，結合金雷或嘧菌酯蘸盤和灌根各一次，爛根死棵現象會得到有效控制，老大棚重新煥發生機活力不是不可能的。