番茄生長周期長，且連續結果能力較強，整個生長期需要大量的養分供應，但番茄在不同生育期對肥料養分的吸收量也不相同。例如番茄在生長前期對氮，鉀肥吸收量較小，結果盛期增多。所以栽培番茄除施用基肥外，還需要根據植株生長發育規律，及時追施不同養分的肥料，才能豐產，穩產。
提苗肥。為了促進番茄定植后迅速生長，可結合澆定植水或緩苗水進行次追肥。如腐熟人糞尿、硫酸銨、苗期專用肥等。對生長勢弱的或是早熟品種追施提苗肥，能促使植株早發棵，提高坐果率，避免落花落果。
初果肥。在穗果實即將成熟時，為促進第二、三穗上的果實成熟，追施初果肥，每667平方米施高氮高鉀型復合肥（如多肽復合肥等）15千克，隨水沖施即可。
盛果肥。在第二穗果實采收時，已進入番茄采收盛期，需要較多的養分供應，因此要注意追加肥料。盛果期如果缺肥，易使植株脫肥早衰，以后幾穗果實發育不良。盛果期追肥，每667平方米施用高鉀型復合肥20千克加微生物菌劑（含有枯草芽孢桿菌）10千克，既能果實膨大所需的養分，又能改善根際周圍的環境。
催果肥。植株進入結果期，在每一穗果坐果并開始迅速膨大時，應結合澆水進行適當追肥。這是追肥的關鍵環節，追肥量要適當大些。
追肥的方法可隨水沖施，也可開溝追施，同時還可配合葉面噴施，在番茄生長后期三者可配合使用，以增加肥效，延長番茄結果期。