大蔥作為經濟效益較高的作物，由于受到病害的影響，發病之后很難根治，導致很多農民都不怎么敢種。
大蔥的主要病害是紫斑病、霜霉病、灰霉病，唯有找到病因對癥下能起到根治的效果。大蔥的病蟲害尤為嚴重，主要危害大蔥的病蟲害有地下害蟲（蠐螬、螻蛄、蔥蛆）、地上害蟲（菜青蟲、蔥薊馬、潛葉蠅等）、霜霉病、疫病和灰霉病等。所以大蔥在生長過程中防治病蟲害需要依據實際情況，用不同的化學藥劑防治措施來減少病蟲害的發生。
那么，對于大蔥病蟲害，可以結合以下幾點措施進行防治：
是農業措施：采用的主要是合理輪作，中耕除草，清潔田園雜草，使用充分腐熟的有機肥，選用高產優質抗病品種，平衡施肥。
第二是物理措施：用頻振燈，在夜蛾盛期誘殺甜菜夜蛾、斜紋夜蛾、棉鈴蟲成蟲等。
第三是大蔥蟲害防治：蔥薊馬可用吡蟲啉2000～3000倍液噴霧防治；蔥斑潛蠅用阿維菌素3000倍液噴霧防治；甜菜葉蛾、棉鈴蟲可用滅幼脲噴霧防治。此外，還需注意的是地下蟲害的防治。大蔥地下害蟲大多是蔥蠅、金針蟲、螻蛄等。移栽時用辛硫磷1000倍液蘸根10分鐘或1畝地撒1公斤毒死蜱于溝中，在中后期可以澆水沖施。
第四是大蔥病害防治：對紫斑病和黑斑病，初期用75％百菌清粉劑600倍液或58％甲霜靈錳鋅可濕性粉劑500倍液，7～10天1次，連噴2～3次。
對霜霉病，可用72％克露可濕性粉劑600～700倍液或殺毒礬可濕性粉劑500倍液7～10天1次，連噴2～3次。
軟腐病為細菌性病害，可用70％可殺得500倍液或農用鏈霉素4000倍液噴霧防治。