吡蟲啉是新一代氯代尼古丁殺蟲劑，具有廣譜、高效、低毒、低殘留，害蟲不易產生抗性，對人、畜、植物和天敵等特點，但是吡蟲啉藥害同樣會產生。
吡蟲啉對棉花、豆類和瓜類等敏感作物在一定的條件下可能會產生藥害。在2005年就曾有農民在利用2.5%吡蟲啉可濕性粉劑進行棉花害蟲防治的時候中發生藥害。棉花在其施藥1周之后出現心葉失綠黃化，2周后作物植株枯萎、死亡。該地區的棉花受害面積超過200畝，造成了嚴重的損失。但是初步推測，吡蟲啉中混入的除草劑可能是棉花藥害的成因。
國內吡蟲啉產品的劑型多為供噴霧法使用，用于種子及土壤處理的吡蟲啉制劑所占比例極少，要遠低于國際水平，但是吡蟲啉拌種會產生藥害是已經被證實。國內違法修改農藥登記，將噴霧吡蟲啉制劑用作拌種，已發生多起藥害事件，例如在07年在河南、山東、江蘇等地因使用高含量吡蟲啉乳油假冒的小麥拌種劑而造成嚴重的藥害，致使小麥不出苗或出苗緩慢、不齊。還有11年，青島某農民使用600克/升吡蟲啉懸浮劑的噴霧對花生進行拌種，使得花生種大量霉爛不能萌芽。
經確認吡蟲啉乳油、微乳劑中含有對種子危害極大的助劑或溶劑，所以嚴禁將其用作拌種處理。到現在為止，已產生的吡蟲啉拌種藥害，大部分是由吡蟲啉乳油或可溶性液劑所引起的；而吡蟲啉懸浮劑的成分中，對種子產生威脅的主要成分是乙二醇或丙二醇類抗凍劑成分。
雖然醇類成分易揮發、易降解，在一般情況下使用對種子是的。但是，若在拌種入土后遇到低溫情況，乙二醇揮發和降解受到限制，同時醇類物質又極易在種子、幼株內累積，將會有很大可能會產生的藥害。醇類物質在植物體內累積過多，一般會表現為抑制植物進行有氧呼吸、破壞植株營養合成、酶失活或蛋白質合成受阻、降低葉綠素的含量、根系活性下降或生長受抑制。
除此之外，相關專家研究表明，使用粒徑過細的吡蟲啉粉劑進行拌種，同樣會對種子存在有害影響。在吡蟲啉粉劑中，吡蟲啉與填料并非單純的混合關系，其主要目的是讓吡蟲啉吸附在填料上，所以吡蟲啉制劑顆粒越細，其釋放速度就越快，因植物根系對吡蟲啉吸收能力的影響，對吡蟲啉的吸收速度也就越快。而吡蟲啉的迅速吸收致使其濃度超過植物根系的承受能力，自然而然的就會產生藥害，限制植物的生長。
吡蟲啉雖然屬于比較的農藥，但是在拌種方面同樣很容易產生藥害，所以農民朋友們在使用前，一定要進行詳細了解，做出慎重的選擇，在進行合理正確操作，避免發生藥害。