在運營管理上，金正大高度重視內部運營的科學化與現代化，通過不斷創新管理工具與管理模式，努力實現效率與效能的同步提升。
根據肥料行業的生產運營特點，金正大將運營管理分為專業化的模塊進行專業化管理提升，在預算、成本、物流、績效管理方面進行創新管理，不斷提高生產運營的高效率與高效能。
預算管理制度是企業運營過程中的“管理之基”，金正大高度重視預算管理制度在企業運營中的作用。將全面的預算管理與公司的戰略規劃相結合，通過對預算的分析及時、準確地反映戰略規劃的實施情況，確保公司經營管理的正常運行及戰略的有效執行。經過科學規劃與梳理，金正大對企業的價值鏈組成進行了精心設計，通過對研發成本、制造成本、管理成本、銷售成本等進行有效管理，提高價值鏈上每個環節的效率，為實現既定的利潤目標作基礎，以公司的利潤率。
成本控制是成本管理的重要手段，也是推動、改善企業經營管理的動力。金正大的成本管理創新主要表現在產品創新、原料采購和生產管理上，通過成本控制以提高產品市場競爭力。
在運營管理中，供應鏈管理是其中的關鍵一環。金正大致力于整個供應鏈上物流、信息流和資金流的合理化和優化，與供應鏈上的企業結成聯盟，以應對日趨激烈的市場競爭。在原料采購環節，隨著業務合作范圍不斷擴大，金正大能夠及時采購到又相對低價的原料，有效地降低了成本。同時，原料供應商主動把原料送到工廠進行代儲并會支付一定的倉儲費用，按照使用量及時進行結算，這樣不但節省了資金，而且有效地規避了原料市場波動帶來的風險。
生產管控也是成本管理的重要環節。金正大通過技術革新、新產品開發以及生產過程的控制提高了產品的質量，減少了次品率、提高了合格率，有效地控制了成本。通過加大對生產系統的監督和考核管理，對各項指標進行管控并且細化，使得消耗逐步降低；通過技術的革新，提高了產品的質量，這樣使得產品成本競爭優勢更加突出。
隨著產品多樣化和企業快速發展，物流作為連接生產和銷售的紐帶，在生產運營中的作用越來越明顯。金正大創新物流管控模式，通過物流方式的多樣化產品的運輸和及時銷售。金正大成立了計劃調度部門，來連接生產、銷售、供應和運輸，加強計劃管理，物流運輸的順暢。為了旺季銷售，金正大和經銷商聯手在全國重點區域設立了代儲倉庫，經銷商按照預計銷售量，先交金，然后現款提貨。這樣能同時解決物流發運和客戶的資金問題，旺季不會斷貨，提高了經銷商的銷售積極性。金正大還成立物流公司，對接營銷服務，專門成立運輸車隊，并在火車站成立辦事處，和鐵路、物流部門對接，正常發運。金正大還與多家物流配送公司簽訂配貨協議，充分發揮地方物流的優勢，實行點對點的服務，直接將貨放到二級經銷商網點，為經銷商節省了運輸費用。
績效管理能夠促進組織和個人績效的提升，激勵員工提高工作積極性。金正大已經建立“以責定崗、以崗定薪、以績定效”績效管理體系，通過目標分析建立共有的價值體系，將公司的戰略目標逐級分解并層層落實到員工的年度、月度關鍵績效指標考核，做到責任層層傳遞，激勵層層鏈接，從而達到員工的個人職業規劃與公司的戰略規劃高度統一。
事實表明，金正大的科學化運營管理已經對企業發展起到了重要推動作用，使企業發展充滿了創新的活力。金正大正以創新的思維持續提升運營能力，向更高目標發起全新的沖刺。