我們都知道；生物肥值錢的就是里面所含有的活性菌，菌的活性重要。當然；考慮到微生物菌肥主要成分為生物活性菌，在使用過程中禁止大家以下操作。

1、不能與殺菌劑混合使用，訪治根腐病、根癌等土傳病害；（見殺菌劑就死亡）

2、紫外線可以殺滅微生物菌肥里面的生物活性菌；（見紫外線就死亡）

3、與化肥混用要注意化肥用量不能過大。高濃度的化學物質對菌肥里的微生物有毒害作用。

4、注意溫度過高，過低，干旱條件下的作物田塊不建議施用生物菌肥。會影響菌肥活性。

5、注意不要沖施生物菌肥，因為水會沖散菌群，影響菌肥效果。

6、注意：菌肥中的菌賴以生存的條件是有機質。通常把有機質稱為生物菌的載體。也就是說有機質是生物菌賴以生存的食物。所以一定記得補充土壤有機質確保菌肥功效！菌肥生產中載體很重要，關乎菌的活性能力。

話說回來，土壤中有足夠的有機物或腐殖質時微生物才能更好的生存繁殖起作用，激活其他營養元素。微生物菌在土壤中作用主要是產生各種酶，份解各種養分，產生各種酸和二氧化碳，給作物提供更多養分。而微生物菌要成活和繁殖，土壤中要有足夠的有機質才行。

所以我們提倡有機肥和和菌肥搭配使用！土壤有機質含量足，土壤理化性狀就好，了土壤有益微生物的活動，從而能大限度促使有機物份解轉化，產生多種營養物質和刺激性物質，反過來又刺激微生物的生長發育，促近作物生長，終達到增產增收的目的。缺了有機質的土壤含水性差，各類肥料溶液向作物根部“表達”能力差，致使根系生長的內在刺激不足。土壤有機質缺失，會使化肥對土壤板結影響的烈度更加凸顯。而有機質豐富，化肥的利用率就大大提高了，化肥殘留于土壤中的硫酸根、氯離子、亞硝酸鹽等物質會因轉化為水溶有機化合物，以及豐富的土壤微生物的多重作用而化，使土地可以永續耕作。所以歸根結底，化肥“使土壤板結”的負面作用并不是化肥之過，而是人們忽視了向土壤施用足量的有機肥料的結果。

土壤中有機質不足，微生物繁殖所需的碳源不足，致使根際微生物群落稀疏，根系生長的外源刺激太弱，根系就失去了生長的外部刺激。土壤板結和藥害（土壤中農藥殘留嚴重）造成農作物多種病害。如果土壤中有機質豐富，這些危害是可以減輕甚至是可以避免的。所以施用菌肥，請別忘了補充有機質！