四川省農業科學院前身為1938年成立的四川省農業改進所，1964年正式建制為四川省農業科學院。全院現設作物所、土肥所、植保所、生核所、遙感所、信息所、測試中心、園藝所、茶葉所、水稻所、經作所、蠶業所、水產所等13個研究所（中心）和實驗場、服務中心2個服務機構。截止2005年12月底，有職工2479人，其中在職職工1480人。全院現有博士52人、碩士111人；研究員62人，副研究員159人；國家突貢專家7人，政府津貼專家69人；省優專家8人，省學術和技術帶頭人24人、后備人選27人；四川省和成都市科技杰出貢獻獎獲得者2人；國家百千萬人才工程、二層次人選和新世紀百千萬人才工程人選2人。
全院設有糧食和經濟作物育種、種植制度、資源環境、生物技術、信息技術、家蠶、水產等50多個學科和專業。近年來，先后建設了一批研究中心和國際合作中心（實驗室）：四川省農科院水稻區域技術創新中心，國家農作物改良中心成都玉米分中心、瀘州水稻分中心和簡陽棉花分中心，農業部植物新品種保護測試（成都）分中心，中德油菜研究中心，農業部轉基因植物環境監督檢驗測試西南中心，農業部食品質量監督檢測中心，農業部遙感中心西南區域分中心，農業部長江上游農業資源與環境重點開放實驗室和水稻、玉米、小麥、油菜、棉花、高粱等原原種基地，糧農組織國際農業信息體系中國西南分中心，博士后科研工作站，四川省國際科技合作基地與中國和德國合建的“中德油菜研究中心”等。
“九五”以來，全院獲得國家、部、省級科技成果獎119項。其中，國家發明二等獎2項、三等獎2項，國家科技進步一等獎1項、二等獎4項，三等獎1項，省科技進步特等獎1項、一等獎10項、二等獎29項，發表論文2990篇。
“十五”期間四川省農業科學院育成農作物新品種168個（國家審定品種19個，省級審定品種149個），占四川省攻關組育成品種的38%，被列為省主推品種26個,獲專利45項，品種權25個。2004年獲得農業部植物新品種保護先進單位。
“十五”期間，四川省農業科學院主要農作物新品種在省內外累計推廣2.7 億畝,占全省糧棉油作物種植面積的40 %；新品種、新技術、新產品在省內外累計推廣2.1億畝，累計增加糧食135億公斤,皮棉1200萬公斤，新增社會經濟效益130億元。
2004年，經科技部評估，四川省農業科學院有3個研究所進入全國省級農林科研機構科技綜合競爭力前100名，其中，作物所名列全國省級農科院“百強所”。2005年，本院被省委、省政府授予“科技創新先進單位”和“科技對外開放先進單位。