重慶市農(nóng)業(yè)科學(xué)院是以原重慶市農(nóng)業(yè)科學(xué)研究所、市果樹研究所、市作物研究所、市茶葉研究所、市農(nóng)業(yè)機械研究所為基礎(chǔ)，由重慶市于2005年12月批準(zhǔn)成立的正廳局級全民所有制公益型農(nóng)業(yè)科研事業(yè)單位。下設(shè)8個職能處室、15個研究所（中心）。 依托建有農(nóng)業(yè)部農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量監(jiān)督檢驗測試中心（重慶）、重慶市農(nóng)業(yè)重點實驗室、重慶市玉米工程技術(shù)研究中心、重慶市茶葉工程技術(shù)研究中心，控股重慶種業(yè)（集團）有限責(zé)任公司、重慶金穗種業(yè)有限責(zé)任公司、重慶云嶺茶業(yè)科技有限責(zé)任公司。
全院有干部職工1,338人，其中：離退休人員787人，在職職工551人。在職職工中具有高級職稱的專業(yè)技術(shù)人員117人，有博士學(xué)位5人、碩士學(xué)位41人，享受特殊津貼專家25人，重慶市學(xué)科技術(shù)帶頭人5人，后備人選6人，重慶有突出貢獻的中青年專家2人，重慶市“322重點人才工程”第二層次人選5人；“十七大”黨代表1名，十一屆、十二全國人大代表1名，市人大代表3名，市政協(xié)委員5名，獲首屆振興重慶爭光貢獻獎1名，“重慶市首屆有突出貢獻的中青年專家”2名。
“八五”以來，全院獲科技成果獎204項次，發(fā)表學(xué)術(shù)論文1400余篇，創(chuàng)新材料120多份，育成新品種80余個。其中，優(yōu)質(zhì)水稻育種進入全國先進行列，Q優(yōu)6號和渝優(yōu)600為國家認(rèn)定的超級稻品種；玉米育種在西南地區(qū)處于領(lǐng)跑地位，渝單系列品種在全國推廣運用；糯玉米育種居于全國領(lǐng)先水平，渝糯7號為國家糯玉米區(qū)試對照種；兩系小麥材料創(chuàng)新、再生稻栽培等也居于全國領(lǐng)先水平；蔬菜育種、優(yōu)質(zhì)小麥育種、茶葉育種與加工、果樹資源開發(fā)利用等領(lǐng)域也在西南地區(qū)保持領(lǐng)先水平；擁有蔬菜種質(zhì)資源占全國總資源的四分之一、西南地區(qū)的四分之三；研制的“云嶺永川秀芽”為全國的針型名茶，為重慶十大名茶之一。直轄以來，推廣水稻、玉米、小麥、蔬菜、茶樹、果樹等良種100多個，推廣面積1200多萬公頃，為重慶及周邊地區(qū)農(nóng)業(yè)和農(nóng)村經(jīng)濟發(fā)展提供了強有力的科技支撐。
“十一五”期間，重慶市農(nóng)科院以“西部，全國先進”建院目標(biāo)定位，本部選址九龍坡區(qū)白市驛鎮(zhèn)，規(guī)劃占地面積2600畝，按 “一個核心，四大基地”的布局，即建設(shè)以院本部為核心，永川糧食作物試驗示范基地、永川茶葉試驗示范基地、江津果樹試驗示范基地、黔江武陵山區(qū)農(nóng)業(yè)綜合實驗站等四大基地的創(chuàng)新平臺；堅持“科研立院、人才興院、服務(wù)強院”戰(zhàn)略，以機制創(chuàng)新為引擎，全面加強“基礎(chǔ)條件、學(xué)科體系、人才隊伍、和諧農(nóng)科院”四大建設(shè)，提升科技創(chuàng)新能力和科技服務(wù)能力，努力建成集農(nóng)業(yè)科研、示范、展覽、培訓(xùn)、加工、物流為一體的農(nóng)科院，展示重慶現(xiàn)代農(nóng)業(yè)的示范園區(qū)和山地農(nóng)業(yè)科技創(chuàng)新中心。