微生物是土壤生態系統的核心，是植物生態系統物質交換的主要媒介。微生物—植物互作的研究，可以為微生物肥料開發中菌種的選擇及提高微生物肥料應用效果提供理論指導。

生物中心農業微生物課題組和農業資源與經濟研究所微生物課題組開展合作攻關，利用利用一些功能微生物將畜禽糞便、酒糟、醋糟、菌糠和秸稈等農業廢棄物循環利用，發酵成優質微生物有機肥，將適合的載體與抑病促生功能菌群施入土壤中來調節土壤微生物群落，以達到促生增產的目的。課題組成員趙佳博士于2018年1月和2月連續在國際期刊 《Acta Physiologiae Plantarum》 和 《Plos one》上發表題為“The rhizosphere microbial community response to a bio-organic fertilizer: fnding the mechanisms behind the suppression of watermelon Fusarium wilt disease”和“Manipulation of the rhizosphere microbial community through application of a new bioorganic fertilizer improves watermelon quality and health”的論文。