南瓜施肥要根據其需肥特性來施肥，南瓜的需肥特性主要有兩點：產量高，需肥多，吸肥力強、耐肥；前期發育以氮肥為主，后期結果以鉀肥、磷肥為主。
在給南瓜施肥時每畝南瓜基肥應以3000-3500千克或人畜糞尿500-1000千克，過磷酸鈣10-15千克，草木灰100千克，集中混合食欲瓜溝中，與土壤混合。采用坑栽或墩栽的方式，每穴先施堆肥或人畜糞尿。
再給早熟的南瓜追肥時，要在定植成活后，應及時追施苗肥1-2次，以后當陸續出現雌花時，在追肥養花。在結果時果實迅速生長，這時再追肥一次。
以采收老熟瓜為主的中晚期南瓜，必須根據情況，處理好營養生長與果實生長的關系，既要控制生長前氮肥過多，造成蔓葉徒長，又要防止養分不足，基葉生長瘦弱，難以結成大瓜。具體施肥量要根據土壤情況、地區情況等多方面因素來決定，要在技術人員的教導下施肥。