現在農作物種植對農資的運用可謂是占了一大的角色，對含氯化肥使用不當可造成燒種、傷苗等“氯害”景象，科學施用這類化肥應做到“三留意”。
、避免氯離子在泥土中富積含氯化肥適宜在多雨季節或降水較多的地區施用，以利用雨水的沖淋，讓較多的氯離子隨水淋失，避免其在泥土中富積，從而有效地避免作物涌現“氯害”。因此，無灌溉條件的旱地、排水不良的鹽堿地和高溫干旱季節以及缺水少雨地區不施或少施含氯化肥。
第二、充分腐熟的有機肥等配合施用在施用含氯化肥時，配合施用充分腐熟的有機肥，能夠提高含氯化肥的肥效，減輕氯離子的不良影響。在有效磷含量低的泥土中，氯離子對作物吸收磷有抑制造用，經常造成作物磷素營養的缺少，故施含氯化肥時應留意配施適量的磷肥。用含氯化肥與尿素、磷酸銨、過磷酸鈣、鈣鎂磷肥等配制而成的復（混）合肥、配方肥，不僅能夠減輕氯離子的損害，而且因為氮、磷、鉀得到配合使用，可起到平衡施肥的效果。
第三、節制科學的施用方法含氯化肥可作基肥或追肥，但不宜作種肥。作基肥時應提早深施并蓋土，通常在播種或移苗前7天施用，施在種子或幼苗下側，以距表土5-7厘米處為宜。作追肥時，可采取對水或對稀糞尿水澆淋的方法穴施或條施（忌撒施），并與作物植株相距5-10厘米。在作物苗期，含氯化肥施用量不宜過大。在作物生長中后期需大批施用含氯化肥時，可依據作物生長情況追施2-3次，每次間隔15-20天。