生物有機肥經高溫腐熟，養分含量高，富含有益菌群，利用率高，效果好，深受種植戶青睞。不過由于其售價較高，便有一些不法分子受利益驅使，制售偽劣產品，損害了正規合法企業和農民的利益。生物有機肥的有效活菌看不見摸不著，從產品外觀上看與普通有機肥料無異，如何鑒別真偽呢？
從外包裝上判斷
一是檢查包裝上是否有農業部頒發的微生物肥料登記證。由于生物有機肥是一種具有特殊功能的肥料，產品登記是在農業部微生物肥料登記中心進行，并由農業部頒發肥料登記證。不像復混肥、普通有機肥是在各省的農業廳土肥站進行肥料登記，頒發的是省級肥料登記證。證號登記方式為“微生物肥（登記年）臨字（編號）號”或者“微生物肥（登記年）準字（編號）號”。
二是檢查包裝上是否標注有效活菌數。如果沒有，就是假冒偽劣產品。
三是檢查包裝上是否標有產品生產日期和有效期。因為生物有機肥料中的特殊功能菌種是活的、有生命的，隨著產品保存時間的延長，特殊功能菌種的有效活菌數會不斷減少，所以產品有效期標得太長是對用戶不負責。
四是看包裝上是否有“NY884-2012生物有機肥”標準。生物有機肥和普通有機肥料的產品執行標準不同，前者是NY884-2012（代替之前的NY884——2004），后者是NY525-2012（代替之前的NY525——2002）。
五是可以去農業部種植業管理司相關網站進行查詢。
對于經銷商來說，還可以從產品檢驗報告書檢查生物有機肥的真偽。首先是查看該批產品檢驗報告上產品名稱、檢驗依據、技術指標等與包裝標識是否一致，一定要查看“監督檢驗”報告，而不是“委托檢驗”或者是生產企業自己出具的檢驗報告。
看產品是否均勻
生物有機肥料的關鍵作用是靠具有特殊功能的微生物菌種實現的，產品含水量太高或太低都不利于菌種的存活，所以從含水量參考判斷比較直接。抓一把肥料在陽光下觀察物料是否陰潮，拋起來看看是否起灰塵。肥料潮濕呈團狀，或者干燥呈灰狀都是不合格產品。
生物有機肥料中添加的載體應該是由多種有機營養物質組成的“套餐”，既然是多種原料組合，在光線下觀察就應該能夠看到多種原料的痕跡。一般產品的成分中含有植物秸稈（如玉米芯、豆粕等），仔細觀察可以看到原料的真實成分，部分原料有特殊氣味。
看產品是否有效
生物有機肥料的關鍵作用是通過具有特殊功能的微生物菌種實現的，假如產品中沒有這些具有特殊功能的微生物菌種或其含量不高、能力不強，施用效果可想而知。筆者根據實驗室的經驗設計了一套簡單的鑒別方法：
步，取少量產品加一點自來水調成面團狀，放在冰箱里結成冰塊，第二天再在太陽下崩解，這樣經過至少三次反復凍融，肥料中的菌種將會凍死（細胞結冰、形成冰針刺破細胞），數量將會大幅度減少，通過菌種所起的作用就基本消除了。
第二步，將原產品與反復凍融過的兩種肥料、糞便在相同的田塊或小盆缽中，定期觀察比較兩者差異，如果差異不明顯，則說明該生物有機肥產品中的“特殊功能菌種”的能力不強或者數量不夠，甚至沒有。