過磷酸鈣和鈣鎂磷肥是目前農民朋友常用的兩種磷肥，兩者的化學成分與物理性質截然不同：過磷酸鈣為白色或灰白色粉末，有吸濕性和腐蝕性，含磷量16%～18%，屬酸性化肥；鈣鎂磷肥為灰色或暗綠色，不吸濕不結塊，可以經久存放，含磷量14%～18%，屬堿性化肥。因此，施用和貯藏時也有很大的不同。
適施土壤不同
過磷酸鈣呈酸性，適宜施在石灰性和中性土壤中，生成易被作物吸收的鹽類，若施入酸性土壤中，其主要成分磷酸鈣與土壤中的游離鐵、鋁離子發生交換反應，形成不溶性磷酸鹽，難以被作物吸收，一般應與有機肥混合并集中施于根系密集區，以減少同土壤的接觸。而鈣鎂磷肥呈堿性，宜施入微酸性或酸性土壤中，作基肥全層深施，以加速有效磷的釋放，利于作物吸收利用。
肥效快慢不同
過磷酸鈣為水溶性磷肥，肥效來得快，既可作基肥，又可作早期追肥或根外追肥。而鈣鎂磷肥為難溶性磷肥，肥效來得慢，在一般情況下，它的施用時間比過磷酸鈣提前一兩個月，宜作基肥一次性施入。這兩種磷肥所含的有效磷含量相差不多，但由于鈣鎂磷肥肥效慢、肥效長，因此一次性施用量要比過磷酸鈣增加50%，生產中可采用隔年施用的辦法，以提高利用率。
不能混合施用
過磷酸鈣不宜與石灰、草木灰等堿性肥料混合施用，鈣鎂磷肥不能與硫酸銨、氯化銨等酸性肥料混合使用，以免發生化學反應而降低肥效。過磷酸鈣含有大量的硫酸鈣，在缺硫的土壤中施用有補充硫營養的作用；鈣鎂磷肥具有供給作物鈣、硅等元素的能力，因此在喜鈣的豆科作物和需硅的水稻、小麥上施用，效果更好。
耐貯性不同
過磷酸鈣易吸濕回潮結塊，有腐蝕性，如貯藏時間長，一部分水溶性磷便會轉變為難溶性磷，且濕度、溫度越高，這種轉變速度越快。而鈣鎂磷肥不吸濕結塊，無腐蝕性，耐貯藏。因此，提倡過磷酸鈣現購現用，在需要貯備磷肥時，宜選購鈣鎂磷肥。