微生物菌肥在農業生產中起著非常重要的作用，其可以起到如下功效：
一、因為生物菌肥中包含有大量的生物菌，經過生物菌的活動，不僅能夠改善土壤的理化性狀，增加土壤中有機質的含量，并且還具有解鉀、釋磷、固氮的效果。在將生物菌肥施用到土壤之后，生物菌將會迅速增殖，形成群體優勢分解土壤中已經固定的并作物不可以直接吸收利用的氮、磷、鉀元素，并且固定空氣中游離的氮，供應給作物吸收利用。
二、施用生物菌肥不會給農作物造成副作用，生物菌在土壤中的增殖代謝過程中可以創造赤霉素以及其它活性物質等內源激素，能夠自身調節生理過程，不會農作物起到反面作用。
三、生物菌肥能夠促使農作物生根、出苗、提前成熟，增強農作物的抗逆性，表現出抗病、抗旱、抗倒伏的效果。
四、生物菌肥自身沒有毒害、沒有殘留，并且額可以分解土壤中因為長時期施用化肥、農藥的殘留，溶解污水灌溉之后的重金屬殘留，凈化環境，是生產綠色農產品的肥料。
五、生物菌肥大多是以優質草碳為主要載體，其中草碳包含有大量的作物必須的微量元素。這是其它類型化學肥料沒有具備的。