大蒜基肥的施用以有機肥為主，根據大蒜的生長發育和需肥、吸肥特點，進行施肥，可為大蒜高產打下基礎。
大蒜基肥要以有機肥為主。有機肥通常指圈肥、雞糞、鴨糞、廄肥、堆肥、餅肥等。基肥的施用量是否充足，直接關系到大蒜蒜頭的商品性和植株的越冬性能，因此在生產上給大蒜施足基肥。
基肥的施用量應根據大蒜的目標產量和單位面積產量的需肥量等多種因素綜合考慮確定。要求施用豬圈肥2500-3000公斤，或廄肥4500-5000公斤。有條件的可施用棉籽餅等餅肥50-100公斤。也可用苜蓿等綠肥作物壓青、鮮草漚制等作基肥施用。配合有機肥作基肥施用的化肥通常有過磷酸鈣、氮磷復合肥、氮鉀復合肥或三元復合肥等。每667平方米施用標準氮肥75公斤左右。氮素化肥要有2/3作基肥施用，1/3作追肥施用。磷、鉀肥絕大部分作基肥施用。磷肥使用過磷酸鈣30公斤左右。磷肥作基肥施用時，無論是過磷酸鈣，還是鈣鎂磷肥，都要與有機肥混合施用，淺耕翻入耕層。鉀肥的施用數量，一般每667平方米施用硫酸鉀30公斤左右。
大蒜基肥的施用方法，一般是將有機肥的一半在耕地前施入，均勻地撒施在土壤表面，結合耕地，將肥料翻入地下；另一半在播種時，集中進行溝施，并使肥、土相混，然后播種。如以碳酸氫銨或有機肥作基肥時，要開溝埋施，或隨水澆施，施用后結合整地使肥與土壤混合均勻。磷肥的施用是淺施、集中施或分層施。一有可在耕地前施用一部分，另一部分在耕后栽蒜時施用，或在整地后淺施在地下6-10厘米處，以利幼苗吸收利用，培育壯苗，提高磷肥當季利用率。鉀肥可在耕地時，隨耕地隨撒施，翻入地下即可。