番茄畸形果的防治必須從“小”抓起，花芽分化時要特別注意仔細管理，另外還要注意通風等措施，預防番茄畸形果。
番茄的花芽分化較早，在適宜的條件下，發芽后25～30天，幼苗有2～3片真葉時，花芽開始分化；第35～40天，開始第二花序的分化，到第60～65天時，第三序也已經開始分化，此時幼苗已具有7～8片真葉，花序已經現蕾或將要開花，到了適于定植的苗齡。栽培上，形成番茄產量的頭三穗果的花芽在苗期就已經完成分化，提高番茄苗期管理水平，滿足花芽分化所需適宜溫度及其他條件，是預防和減少番茄畸形果有效的根本措施。這是在后期沒法補救的。
番茄播種出苗至破心前，也就是花芽分化之前，可以降低苗床溫度以利低溫煉苗、控制徒長、增強適應性，可降低番茄畸形果發生率。破心后溫度不可過低，保存晝溫22～25℃、夜溫13～18℃為宜，在適宜條件下，著花節位低、花芽分化快、花朵數多、花芽質量。
苗床要經常通風，保持較低的空氣濕度和降低土壤濕度，這不但有利于花芽正常分化，還能培育壯苗，使秧苗葉片厚、顏色深、節間短，抗病力增強。苗床要增施磷鉀肥，防止偏施氮肥，避免心皮過度分化形成帶狀扁形花，短柱頭長萼片的畸形花。育苗期間給予充足的光照條件，不但可以增強光合作用、滿足花芽分化所需營養，并可提高環境溫度，苗齡不可過長，需按照適齡秧苗定植的原則，依據栽培方式和定植時期，如秧苗有徒長危險時，可采取加強通風，減少水分和噴施蔬菜桿控等措施控制徒長，但不能用低溫控苗的措施，以免對花芽有不良影響。
番茄是茄果類蔬菜中容易受環境影響而形成畸形果的種類。番茄果實發育成整齊還是畸形果，取決于花芽分化的質量，幼苗在溫度低、水分足、氮肥多的條件下，花芽容易過度的分化，形成多心皮的畸形花，將來所結的果實必然呈桃形、扁形、瘤型、指型等奇形怪狀，一般沒有完整的外果皮，如果幼苗苗齡過長，而且長期處于低溫、干旱、少肥的條件下，花器容易木栓化，一旦條件適宜，木栓化的組織趕不上內部組織的迅速生長，而導致果實開裂，形成裂果、疤果或露籽果，這類畸形果的外果皮缺失一部分或大部，所以在花芽形成過程中，經歷的低溫時間較長，所形成的畸形花就較多，反之，就較少。所以預防番茄畸形果，育苗的時間、溫度、水分、肥料是關鍵。