鈣鎂磷肥對于作物也有著很好的作用，鈣鎂磷肥是一種弱酸活性磷肥，這種磷肥所含的磷元素不溶于水，但能在弱酸中溶解，雖然它的肥效比磷礦粉來得快些，但也還要有一個溶解過程，才能變成作物可以吸收利用的有效磷。把鈣鎂磷肥施在酸性土壤上，它不僅可以被作物根系分泌的弱酸及微生物活動產生的弱酸溶解，還可以被土壤中的酸溶解，所以溶解比較快。而在石灰性土壤中，溶解過程就要慢得多。
鈣鎂磷肥又是一種堿性肥料，除磷外還合有很多鈣和鎂，因此在酸性土壤上施用，還有補充酸性土壤中鈣、鎂不足和降低土坡酸性的功能，從而改善農作物的生活條件。據試驗，鈣鎂磷肥施在酸性土壤上，當季肥效大致與過磷酸鈣相當，有時還超過過磷酸鈣，而在石灰性土壤上施用，其肥效約相當于過磷酸鈣的80%左右。