天麻軟腐爛窩病，是天麻栽培種產量低的原因之一。軟腐的米麻、白麻，其塊莖皮萎黃，中心腐爛，塊莖的切面滲出異臭的白色漿水濃液，天麻依靠蜜環菌生長，天麻被蜜環菌當做寄主、菌絲與天麻塊莖接觸時開始的。
蜜環菌的菌絲沿天麻塊莖貼生延伸，蜜環菌對環境的適應能力很強，在圖文6-32℃下均能生長，但在土溫15-25℃、土壤濕度50%-70%為適宜。菌絲體與塊莖接觸后，很快沿地塊莖表皮蔓延并產生根毛狀菌絲，穿透天麻塊莖表皮侵入溶菌層被溶解，提供天麻生育的營養。在利于天麻生長的環境條件下，侵入的蜜環菌菌絲越多，塊莖生長越快，由于天麻在生育中對環境的適應能力較蜜環菌弱。
天麻軟腐爛窩是一種生理性病害，導致發病的主要原因是環境條件不佳，土質選擇不當，軟腐爛窩多見于土壤保墑、透氣性能差的黃泥地，蜜環菌的生長發育不良，天麻得不到原因的及時供應蔫腐而亡。應及時的防治天麻軟腐爛窩病害的發生，防治方法，選擇團粒結構好、滲水性能強、含腐殖質豐富的沙壤土，濕度為40%，栽培季節以冬季為主，通常采取舊菌材，以補償蜜環菌菌材營養，控制蜜環菌的長勢過旺，在栽培時，將培養的菌床打開，一般每10根菌材下中500-750克，麻種緊靠菌材之間，新材間多加菌枝，穴底除鋪有一層櫟樹葉外，每栽一層并適量充填櫟葉腐殖土，栽后上蓋樹葉，覆土10-15厘米。
天麻管理簡單，主要是防旱、防澇、防寒和保墑。在低山區，為防止干旱，可在穴旁種幾株玉米為旱象指示植物，發現玉米卷葉時適量噴水防旱。陰雨季節，在栽培區上坡開溝排水。在高山區，寒冬季節要加蓋樹葉。此外，要防止人畜踩踏和農藥污染等。