茄子的種子扁平，呈腎形，顏色為赤黑色或黃色，有光澤。種皮有細紋而無毛。陳種子或采種時未洗干凈的種子呈淡褐色，失去光澤。種子的長度3.1～3.7毫米、寬度2.6～3.1毫米、厚度0.8～1.1毫米，千粒重4～5克，即每克種子200～250粒。茄子的種子由種皮、胚乳和胚組成。胚乳中充滿蛋白質、脂肪等營養物質，是種子萌發和出土時所需養分及能量的來源。
茄子種子的發育比果實發育遲，果實在商品成熟期采收時，種皮仍十分柔軟，并不影響食用。一般在開花后60天左右，當果實達到生理成熟（老熟）時，種皮才逐漸硬化，胚乳和胚發育完全，種子千粒重已趨穩定，并且具備了良好的發芽力和發芽勢。
由于茄子的種皮為革質，厚而堅硬，有蠟質層，不易吸水透氣，并且種子在浸種催芽時表面會產生黏液，從而影響種子萌發。因此茄子種子發芽比辣椒、番茄等種子慢而困難。此外，因種子在采收后有幾周時間的輕度休眠，若采收后馬上播種，發芽率往往較低。并且，如果在恒溫條件下催芽，種子發芽率往往也不高。茄子種子的生命力很強，在通常室溫下，只要種子干燥，保持發芽能力的年限為5年，但生產上的使用年限為2年，陳種子的發芽率較低，尤其是發芽勢低，播種時常常出苗不齊，容易出現大小苗現象。所以生產上要盡量采用新種子，但也要注意不能使用尚未度過休眠期的種子。