如要合理科學的利用綠肥必須要做到以下幾點：
①合理種植。綠肥主要為后茬作物提供養分，因此要選擇適宜當地土壤、氣候條件和能與作物種植相配合的綠肥品種。例如紫花苜蓿、草木樨適于作肥料、飼草兼用綠肥；紫云英、綠萍可作稻茬綠肥；豆科作物能固氮，可與禾本科作物輪作或間套作等。
②適時翻壓。綠肥翻壓過早，生物量和養分含量不高；翻壓過遲，莖葉纖維化或木質化，不易分解腐爛，飼用價值降低。一般應該在蕾期至盛花期翻壓。
③適量翻壓。畝翻壓量為1500-2000公斤一般不超過3000公斤。一次翻壓過多，易造成作物徒長，土壤硝酸鹽累積或流失。
④為綠肥腐解創造條件。如果土壤干旱翻壓前應適當灌水，或趁雨翻壓；在酸性土壤，翻壓時可施用適量石灰，中和土壤和綠肥發酵產生的酸性，以利于綠肥腐解。