在藥用魚腥草大面積種植過程中，常見的病害有白絹病和紫斑病，蟲害有小地老虎、斜紋夜蛾和紅蜘蛛等，應采取下列綜合防治措施。
1 農業防治
1.1 選地 選擇微酸性沙土或壤土。前茬作物為水生作物，輪作1年或1年以上。若前茬作物為旱生作物，則輪作2年以上。在前茬作物收獲后或種植前1個月進行整地，深翻25～30cm，暴曬1周，有利于殺滅病原微生物和減少害蟲的發生。
1.2 清園 頭茬作物收獲后，及時田間雜草和殘枝落葉，可減少越冬幼蟲和蛹的數量以及破壞病原物越冬場所。同時，在作物出苗前或小地老虎1～2齡幼蟲盛發期，及時鏟盡田間雜草，減少幼蟲早期食料，可消滅部分幼蟲和卵。將雜草深埋或運出田外漚肥，可產卵寄主。
1.3 選種和種莖 嚴格剔除病種莖，選育推廣抗病品種。
1.4 加強田間管理 增施有機肥，氮、磷、鉀肥配合施用，以增強植株的抗病、蟲能力；施用腐熟的農家肥，可以減少蟲卵和病原微生物的發生。及時中耕除草。一經發現病株，立即拔除，并挖除帶菌的土壤。將病株及土壤帶出地外燒毀。挖溝排水，注意雨后排水，防止積水，適當降低濕度，減少發病。高溫干旱、空氣濕度低應及時、適量澆水，可減少病蟲害的發生。
2 物理防治
2.1 人工捕殺 結合田間管理，在苗期，每天清晨到田間扒開新被害苗周圍的土壤或被害殘留莖葉附近的表土，捕捉小地老虎幼蟲，集中處理。在生長后期，人工摘除帶有斜紋夜蛾的卵塊及低齡群集幼蟲的“窗紗狀”被害葉，消滅卵和幼蟲。
2.2 毒餌誘殺 在苗期，每畝用鍘碎的幼嫩、新鮮雜草30kg，與90%晶體敵百蟲150g配制成毒餌，于傍晚撒布于地面，誘殺小地老虎幼蟲。糖醋毒液誘殺小地老虎和斜紋夜蛾成蟲，在春、夏季成蟲羽化盛期，用糖∶醋∶白酒∶水＝6∶3∶1∶10加適量敵百蟲配置成毒餌于田間誘殺。注意將用過的毒餌及時銷毀。
2.3燈光誘殺 小地老虎和斜紋夜蛾對黑光燈都有強烈的趨向性，根據各地實際情況，在可能的條件下，于成蟲盛發期每10畝地安裝1支20W的黑光燈，在春、夏、秋成蟲羽化盛期誘殺成蟲。
3 生物防治
3.1 保護和利用天敵 利用本地天敵資源，在天敵發生高峰期不打農藥。
3.2 使用生物農藥 抑制害蟲的發生，用桿狀病毒粉300～500倍液噴霧。在白絹病發生初期，每畝（667平方米）用0.4～0.45kg哈茨木霉加50kg細土，混勻后撒覆在病株基部，能有效地控制該病擴展。
4 化學防治
在苗期，主要防治小地老虎；在封行期以后，主要防治白絹病、紫斑病及斜紋夜蛾和紅蜘蛛。
4.1 防治指標 在苗期，田間被小地老虎為害株率達10%時進行藥劑防治。在封行期以后，白絹病和紫斑病發病率達20%時進行藥劑防治。斜紋夜蛾有蟲株率達25%時進行藥劑防治。紅蜘蛛出現2級指標時進行藥劑防治。
4.2 施法 噴霧、灌根、土壤處理，根據具體情況而定。
4.3 施藥種類 根據防治對象選擇相應的農藥，合理輪換用藥。詳見表1。
4.4 用藥 按農藥操作規程進行，確保人身。
4.5 質量監控 質量監控部門對農藥施用過程要進行全程監督，做好監控記錄。
4.6 評價與總結 病蟲害防治工作結束后，要對防治效果進行評價和書面總結。