冬瓜的根系強大，而且極易分生不定根，吸肥能力很強。特別是在開花坐瓜期，蔓于葉的生長量大，對肥水的需要量很大，供肥時間也長。所以在種植冬瓜的時候一定得注意“這兩點。”
基肥
冬瓜要求氮磷鉀均衡的優質有機肥料。河北、山東、北京等地，過去在定植前每畝地施500-1000千克大糞干或1500千克炕土、糞干的土糞混合肥。近年來，大糞干使用減少，圈肥增多，一般每畝地施圈肥5000千克以上。
廣東地區種植冬瓜時，注重分層施基肥，整地時在畦中開溝施肥，每畝地施腐熟的豬、牛糞干1000-1500千克，牛角干、骨粉或花生麩50千克。播種前再按株距開穴施豬糞干0.5千克，與干塘泥2-2.5千克混合，蓋土后便可播種。
追肥
根據冬瓜不同生育期的要求進行追肥。在瓜苗有5-6片真葉時，開溝施肥，每畝地施糞干500-750千克或優質圈肥1500千克，混合過磷酸鈣25-30千克，硫酸銨10千克，施肥后封溝澆水。
這時正值幼苗期結束，即將進入抽蔓期，施肥的主要目的是促進莖葉生長。在植株雌花開放前后要控制水肥，肥水過大容易落花落瓜。
當抽蔓期結束摘心定瓜之后，果實開始旺盛生長，需加強追肥。
，冬瓜在種植期間追肥的原則是前輕后重，先淡后濃。追肥的種類主要是人類尿或每畝地追施10-15千克尿素或硫酸銨。一般到果實收獲前，追施3-4次。在冬瓜采收前7-10天，應停止澆水追肥，以利于提高果實耐藏和運輸性能。