甲基硫菌靈主要應用于噴霧，也可用于土壤消毒處理及灌根。噴霧用藥時，注意與不同類型殺菌劑交替使用，減緩病菌產生抗藥性。
番茄葉霉病、炭疽病、灰葉斑病、斑枯病：從病害發生初期開始噴藥，7—10天1次，與不同類型藥劑交替使用，連噴2-4次。一般使用70％可濕性粉劑800一1000倍液，或50％可濕性粉劑600-700倍液，或50％懸浮劑或500克／升懸浮劑800-1000倍液，或36％懸浮劑500-600倍液均勻噴霧。
茄子褐紋病、輪斑病、葉斑病、黃萎病：防治褐紋病、輪斑病、葉斑病時，從病害發生初期開始噴藥，7至10天1次，連噴2到3次，藥劑噴施倍數同“番茄葉霉病”。防治黃萎病時，首先在定植時定植溝（穴）均勻撒施藥劑，每畝次使用70％可濕性粉劑0.8-1千克，或50％可濕性粉劑1.2—1.5千克，也可在定植后澆灌定植藥水；而后從門茄似雞蛋大小時開始用藥液灌根，20～30天1次，連灌2-3次，每次每株澆灌藥液200一300毫升。澆灌藥液濃度同噴霧用藥倍數。
辣椒炭疽病、菌核病：從病害發生初期開始噴藥，7—10天1次，連噴2—3次，防治菌核病時重點噴灑植株中下部。藥劑噴施倍數同“番茄葉霉病”。
黃瓜、西瓜、甜瓜等瓜類枯萎病：首先在育苗時進行苗床土拌藥消毒，每立方米苗床土使用70％可濕性粉劑40一50克，或50％可濕性粉劑60—70克拌勻，而后播種；其次，在定植時定植溝（穴）撒施藥劑，每畝均勻撒施70％可濕性粉劑0.8一1千克，或50％可濕性粉劑1.2-1.5千克，也可在定植后澆灌定植藥水；第三，從定植后1個月左右開始，用藥液進行灌根，20天左右1次，連灌2-3次，每次每株澆灌藥液200一300毫升。澆灌藥液濃度同“番茄葉霉病”噴藥倍數。