甲基硫菌靈主要應用于噴霧，也可用于土壤消毒處理及灌根。噴霧用藥時，注意與不同類型殺菌劑交替使用，減緩病菌產生抗藥性。
番茄葉霉病、炭疽病、灰葉斑病、斑枯病：從病害發生初期開始噴藥，7—10天1次，與不同類型藥劑交替使用，連噴2-4次。一般使用70％可濕性粉劑800一1000倍液，或50％可濕性粉劑600-700倍液，或50％懸浮劑或500克／升懸浮劑800-1000倍液，或36％懸浮劑500-600倍液均勻噴霧。
茄子褐紋病、輪斑病、葉斑病、黃萎病：防治褐紋病、輪斑病、葉斑病時，從病害發生初期開始噴藥，7至10天1次，連噴2到3次，藥劑噴施倍數同“番茄葉霉病”。防治黃萎病時，首先在定植時定植溝（穴）均勻撒施藥劑，每畝次使用70％可濕性粉劑0.8-1千克，或50％可濕性粉劑1.2—1.5千克，也可在定植后澆灌定植藥水；而后從門茄似雞蛋大小時開始用藥液灌根，20～30天1次，連灌2-3次，每次每株澆灌藥液200一300毫升。澆灌藥液濃度同噴霧用藥倍數。
辣椒炭疽病、菌核病：從病害發生初期開始噴藥，7—10天1次，連噴2—3次，防治菌核病時重點噴灑植株中下部。藥劑噴施倍數同“番茄葉霉病”。
黃瓜、西瓜、甜瓜等瓜類枯萎病：首先在育苗時進行苗床土拌藥消毒，每立方米苗床土使用70％可濕性粉劑40一50克，或50％可濕性粉劑60—70克拌勻，而后播種；其次，在定植時定植溝（穴）撒施藥劑，每畝均勻撒施70％可濕性粉劑0.8一1千克，或50％可濕性粉劑1.2-1.5千克，也可在定植后澆灌定植藥水；第三，從定植后1個月左右開始，用藥液進行灌根，20天左右1次，連灌2-3次，每次每株澆灌藥液200一300毫升。澆灌藥液濃度同“番茄葉霉病”噴藥倍數。
黃瓜炭疽病、黑星病、蔓枯病：從病害發生初期開始噴藥，7-10天1次，連噴2-4次。藥劑噴施倍數同“番茄葉霉病”。
西瓜及甜瓜的炭疽病、蔓枯病、葉斑病：從初見病斑時或病害發生初期開始噴藥，7—10天1次，連噴2一3次。藥劑噴施倍數同“番茄葉霉病”。
苦瓜炭疽病、葉斑病：從病害發生初期開始均勻噴藥，7-10天1次，連噴2-4次。藥劑噴施倍數同“番茄葉霉病”。
西葫蘆葉斑病：從初見病斑時開始均勻噴藥，7-10天1次，連噴2-3次。藥劑噴施倍數同“番茄葉霉病”。
冬瓜炭疽病、葉斑病：從病害發生初期開始均勻噴藥，7一10天1次，連噴2-3次。藥劑噴施倍數同“番茄葉霉病”。
豌豆、豇豆、蕓豆等豆類蔬菜的炭疽病、角斑病、銹病、葉斑病、白粉病：從病害發生初期或初見病斑時開始噴藥，7-10天1次，與不同類型藥劑交替使用，連噴3一4次。一般使用70％可濕性粉劑600一800倍液，或50％可濕性粉劑500一600倍液，或50％懸浮劑或500克／升懸浮劑600一800倍液，或36％懸浮劑400—500倍液均勻噴霧。
芹菜葉斑病：從病害發生初期開始均勻噴藥，7-10天1次，連噴2-4次。藥劑噴施倍數同“豆類蔬菜炭疽病”。
蘆筍莖枯病、銹病：從病害發生初期開始噴藥，7-10天1次，連噴2—-4次，在藥液中混加有機硅等農藥助劑可增加藥劑赫附能力、提高藥效。藥劑噴施倍數同“豆類蔬菜炭疽病”。
蔥、洋蔥及蒜的紫斑病、葉枯病：從病害發生初期開始噴藥，7—10天1次，連噴2次左右，在藥液中混加有機硅等農藥助劑可顯著提高藥效。藥劑噴施倍數同“豆類蔬菜炭疽病”。
十字花科蔬菜的炭疽病、白斑病：從病害發生初期開始噴藥，7-10天1次，連噴1-2次。藥劑噴施倍數同“番茄葉霉病”。
落葵紫斑病、炭疽病、圓斑病：從病害發生初期開始噴藥，7-10天1次，連噴2-3次，在藥液中混加有機硅等農藥助劑可顯著提高藥效。藥劑噴施倍數同“番茄葉霉病”。
馬鈴薯干腐病：播種前拌種、貯運前藥液浸泡薯塊。拌種時每100千克種薯使用70％可濕性粉劑0-80克，或50％可濕性粉劑80-100克，混加滑石粉-1.5千克，先將藥劑與滑石粉拌勻，而后再拌勻種薯。貯運前使用70％可濕性粉劑600一800倍液，或50％可濕性粉劑300-500倍液，或50％懸浮劑或500克／升懸浮劑600—800倍液，或36％懸浮劑300一400倍液浸泡薯塊，浸泡半分鐘后撈出、晾干，而后貯運。
菜用花生瘡痂病、葉斑病、銹病：從病害發生初期或封壟后開始噴藥，10天左右1次，連噴2-3次。防治瘡痂病時重點噴灑植株中下部。一般每畝次使用70％可濕性粉劑80-100克，或50％可濕性粉劑120-140克，或50％懸浮劑或500克／升懸浮劑80一100毫升，或36％懸浮劑120一150毫升，對水3045千克均勻噴霧。
菜用大豆炭疽病、紫斑病、菌核病、銹病：進入結莢盛期后，從病害發生初期開始噴藥，10天左右1次，連噴2次左右。防治菌核病時重點噴灑植株中下部及土壤表面。藥劑噴施倍數同“豆類蔬菜炭疽病”。
菜用玉米葉斑病、銹病：在病害發生初期、遇有多雨潮濕等高濕條件時開始噴藥，7-10天1次，連噴1-2次。藥劑噴施倍數同“豆類蔬菜炭疽病”。
常見商標名稱：甲基硫菌靈、殺滅爾、農百金、快益靈、凱江、瑞托、華陽、吳農、飛達、禾晶、韓孚、新益甲托等。
主要含量與劑型：70％可濕性粉劑、50％可濕性粉劑、50％懸浮劑、500克／升懸浮劑、36％懸浮劑。