辣椒根腐病是辣椒常見的病害之一，在各地的菜區均有發生，在露地栽培、保護地栽培均會發病。在病害嚴重時，會造成根系腐爛、植株枯死，造成植株發育不良，矮小，病株在白天萎蔫，多日之后辣椒整株會枯死。
辣椒根腐病主要為害甜、辣椒莖基部，病株部分的枝葉會變黃萎蔫，莖內會呈現出褐色，濕度大造成根基部腐爛。此外，木賊鐮刀菌等侵染幼苗的根莖部時，也可引起種子腐爛或幼苗猝倒；串珠鐮刀菌侵染后種子發芽率下降40%左右，或形成不正常幼苗，如子葉和種皮被菌絲包被，使種皮無法脫落，子葉不能伸展；尖鐮孢菌侵染種子后，發芽率下降62%，幼苗矮化、莖部縊縮、彎曲或子葉垂萎等畸形癥狀，拔出幼苗，主根變為黃褐色，次生根壞死脫落；茄腐鐮刀菌侵染種子后，發芽率降低52%，病菌首先侵染根及根莖部，初為水浸狀，逐漸腐爛，致幼苗枯死。
應采取有效的方式，進行及時的防治辣椒根腐病的出現，發病初期開始噴灑或澆灌36%甲基硫菌靈懸浮劑600倍液、50%苯菌靈可濕性粉劑1500倍液、50%多菌靈可濕性粉劑800倍液、40%混殺硫膠懸劑500倍液。在植株初開花結果時，施用清枯立克500倍液沿莖基部進行灌根，7天左右用藥1次，能有效的防治辣椒根腐病。