多菌靈具有殺菌譜廣、藥效明顯、藥效期長等優點，是一種較理想的殺菌劑。然而在生產實踐中，有些人因缺乏用藥知識，出現了一些問題。現將使用多菌靈時應注意的問題簡要介紹如下：
1、市場銷售的多菌靈多為50%的可濕性粉劑和40%的膠懸劑。不論哪一種劑型都應選用優質產品，還要注意產品的有效期，生產日期為一年以內的最好，超過這個期限的應酌情增加用量，完全失效的杜絕使用。
2、多菌靈對毛霉、根霉的防治效果較差，在使用多菌靈時應適當提高培養料的pH值，以抑制毛霉、根霉的生長。由于多菌靈耐高溫，使用時最好將培養料進行發酵、高溫滅菌處理，以殺滅霉菌。銀耳、木耳、猴頭菇對多菌靈特別敏感，要避免使用。
3、用多菌靈拌料，應嚴格控制藥液的濃度，一般用含量為50%的粉劑，以占料干重的0.1%即可殺死和抑制雜菌生長；若加大用量，不但成本增加，還會影響菌絲生長，導致子實體污染。拌料時，要先把藥劑溶入足量水中攪拌均勻，拌入料后還要拌勻，以免發生點片污染。