棉花除草劑藥害主要是由于長期使用除草劑或用量過大，使用不當，未加嚴格抑制而灑向棉珠造成棉花莖葉畸形，葉面積減小，光合作用受抑制，桃小桃少造成減產。如果太過嚴重的話應果斷翻種。
棉花除草劑藥害主要發生在棉花的兩個生長時期。1、種子受藥害表現為不發芽，即使發芽也不出土，莖基或胚軸膨大，子葉在土壤里就已經展開，不能出苗。2、棉花植株受藥害表現為葉片和皺縮，中脈縮短，葉尖向內凹。有的表現為葉片有壞死斑，嚴重的整個葉片干枯，脫落。有的植株生長受到抑制。更嚴重的整棵植株死亡。
通常發生面發除草劑藥害的還有以下幾個原因：
1、誤用“誤用除草劑”在生產中時有發生，錯把除草劑當成殺蟲劑使用，或使用除草劑種類不對。
2、除草劑質量問題如制劑中含有其他的活性成分或加工質量差，有時也造成藥害。
3、使用技術不當在生產中，好多藥害是由于使用技術不當造成的。使用時期不正確、使用劑量過大或施藥不均勻都可能造成作物藥害。在噴藥時，發生重噴現象也會造成作物藥害。
4、噴霧器具清洗不干凈噴施過除草劑的噴霧器或盛裝過除草劑的藥桶應清洗干凈，例如，打過2，4-滴丁脂或其它高效除草劑的噴霧器，如果沒有清洗干凈或者是忘記了清洗，再次使用，可能造成棉花的藥害。所以噴施2，4-滴丁脂除草劑的噴霧器專用，即使你清洗了兩三次只要用很少量的殘留就會造成棉花的藥害。
5、異常氣候使用除草劑后，遇到異常氣候如突然降溫，可能導致剛播的棉花種子受藥害。
如果發生棉花除草劑藥害時的具體補救方法。
1、如果棉田發生了氟樂靈的藥害后應當立即采取澆水措施，稀釋植株體內濃度，同時噴灌愛多收4000倍液，可解藥害。
2、棉花受2，4-滴丁酯藥害，一般是飄移的結果。而噴霧器沒清洗干凈，特別是噴桿的殘留，是經常發生藥害的原因。發生藥害后應噴細胞分裂素500-600倍液+愛多收4000倍液，連用2次，間隔5-7天。
3、如果出現除草劑藥害和其他藥害時一種直接的方法就是立即全株噴施600倍天達2116壯苗專用型+3000倍96%惡霉靈+200倍紅糖+1500倍天達有機硅液，緩解藥害效果顯著。2，4-D藥害亦可用此方法解救。
4、對乙草胺藥害，可用噴霧器噴灑1遍清水并對葉面噴施蕓薹素7500倍加葉面肥混合液防治。
怎么對棉花除草劑藥害進行預防呢？
1、沒用過的除草劑要先試驗再應用大面積使用某種除草劑前，一定要先試驗。即使該藥在其他地方已大面積應用，也要堅持先試驗后使用這一原則。因為除草劑的藥效和性受多種因素影響，在其他地方施用，在另一個地方就不見得。
2、選擇的除草劑產品不要錯把除草劑當成殺蟲劑或殺菌劑施用。特別是百草枯和2，4-滴丁脂這種非選擇性的除草劑，只要是綠色植物就管用，往往在打藥時把除草劑當成了殺蟲劑使用，造成了藥害。
3、施用劑量一定要按使用說明書所標明的使用劑量用藥，不要任意加大用藥量，以避免藥害的發生。例如地膜棉膜下的溫度較高、濕度較大有利于除草劑藥效的發揮，再用撲草凈或敵草隆等除草劑打封閉時，藥量應比說明低些可以很好地避免棉種受藥害，同時也能達到除草的目的。
4、清洗噴霧器用過除草劑的噴霧器沒洗干凈或未洗，就來噴施其他的農藥可能會造成藥害，而且還經常發生。用過除草劑的噴霧器必須用洗衣粉或堿水反復清洗多次再存放，養成一種習慣。
棉花除草劑藥害一般發生在5月下旬至6月初，其癥狀表現于6月下旬至7月初。在這期間我們一定要加強除草劑使用常識，做好一切預防措施，避免造成不必要的損失。