作物根部發生病害后使用殺菌劑灌根的方法能很好的減輕病害，作物良好的生長，但在此期間的注意事項是一定要小心的，比如在用殺菌劑灌根前后不得澆水。
用殺菌劑灌根前不宜進行澆水的原因：
一是因為作物的根部病害已經發生，若澆水，病菌會隨流水進行傳播，造成更多死棵。
二是因為澆水容易導致土壤透氣性下降，根部缺氧，產生漚根，抗逆性降低，使病原菌更容易浸染。
另外，澆水后再進行灌根，藥液更難下滲，用藥過多還容易使土壤透氣性更差，易造成作物漚根，加劇死棵發生，所以在灌根前不宜進行澆水。
用殺菌劑灌根后不宜立即澆水。灌根后立即澆水，會使土壤中的藥液很快稀釋，殺菌防病效果降低。因此，在使用殺菌劑灌根后的幾天內盡量不要澆水。
如果在使用殺菌劑灌根后，作物一旦出現萎蔫、黃化、停止生長等藥害癥狀時，可以澆水進行補救，以免造成較大損失。
補救措施：一是迅速澆水1次，以稀釋土壤中藥液濃度；二是及時用生根劑或愛多收或云大120噴淋加灌根，利于緩解藥害、恢復植株長勢。